病因作用于机体使疾病发生以后，疾病便作为一个运动发展的过程不断向前演变、推移，经过一定的时间或阶段后，最终趋于结束，这便是发病学（Pathogenesis）所要研究的问题。因此，疾病发展、经过的全过程应当包括它的最终的结局，即疾病的转归，包括恢复健康和死亡。但为了便于理解，疾病转归问题将在第五节中专门论述，而本节则着重讨论疾病发展经过中某些重要的问题——疾病时自稳调节的紊乱，疾病过程中的因果转化和疾病过程中的损害和抗损害反应。
正常机体主要在神经和体液的调节下，在不断变动的内外环境因素作用下能够维持各器官系统机能和代谢的正常进行，维持内环境的相对的动态稳定性，这就是自稳调节控制下的自稳态或称内环境稳定（homeostasis）。正常机体的血压、心率、体温、代谢强度、腺体分泌，神经系统和免疫功能状态以及内环境中各种有机物质和无机盐类的浓度、体液的pH等等，往往有赖于两类互相拮抗而又互相协调的自稳调节的影响而被控制在一个狭隘的正常波动范围。这是整个机体的正常生命活动所必不可少的。
疾病发生发展的基本环节就是病因通过其对机体的损害性作用而使体内自稳调节的某一个方面发生紊乱，而自稳调节任何一个方面的紊乱，不仅会使相应的机能或代谢活动发生障碍，而且往往会通过连锁反应，牵动其他环节，使自稳调节的其他方面也相继发生紊乱，从而引起更为广泛而严重的生命活动障碍。以糖代谢和血糖水平的调节为例，交感神经兴奋，肾上腺素，胰高血糖素，糖皮质激素，腺垂体生长激素等可分别间接或直接地通过促进肝糖原分解和糖的异生等环节使血糖升高,而迷走神经兴奋和胰岛素则可分别间接或直接地促进肝糖原合成，抑制糖的异生以及促进组织摄取利用糖而使血糖降低。正常血糖水平，有赖于上述两方面因素相反相成的作用而得以维持。当某些病因因素使胰岛素受损或使腺垂体功能亢进以致胰岛素分泌不足或生长素分泌过多时，均可使糖代谢发生紊乱，血糖水平显著增高，而糖代谢紊乱的进一步发展将导致脂类代谢自稳调节的紊乱，表现为脂肪酸的分解占优势而发生酮症酸中毒，说明酸碱平衡的自稳调节也继之发生紊乱。
在自稳态的维持中，反馈调节起着重要作用。例如当糖皮质激素分泌过多时，可反馈地抑制下丘脑和腺垂体，从而使促肾上肾皮质激素释放激素（corticotropoin-releasing hormone, CRH）和 ACTH的分泌减少，这样就可使糖皮质激素的分泌降至正常水平。反之，当血浆中糖皮质激素减少时，上述的反馈抑制作用就有所减弱，CRH和ACTH的分泌随即增加而使糖皮质激素在血浆中又升至正常水平。这样,上述反馈调节就能使正常人血浆和糖皮质激素浓度维持在一个相对恒定的水平。当反馈调节发生障碍时，自稳态就会发生紊乱而引起一系列异常变化。例如，肾上腺一性腺综合征（adrenogenital syndrome）患者可能因遗传缺陷而致肾上腺皮质11－羟化酶缺乏，因而皮质醇（cortisol）和皮质酮（corticosterone）生成不足，故对CRH和ACTH的反馈抑制失效，腺垂体乃不断分泌更多的ACTH，肾上腺皮质性激素的生成就因而增多，故患者血中和组织中ACTH，17－酮类醇、雄激素明显增多，女性患者可出现男性化症状。
在各种自稳调节的控制下，正常机体各器官系统的机能和代谢活动互相依赖，互相制约，体现了极为完善的协调关系。由此理解，当某一器官系统的一个部分受到病因的损害作用而发生机能代谢紊乱，自稳态不能维持时，就有可能通过连锁反应而引起本器官系统其他部分或者其他器官系统机能代谢的变化。这就是疾病中的因果转化，即原始病因使机体某一部分发生损害后，这种损害又可以作为发病学原因（pathogenetic cause）而引起另一些变化,而后者又可作为新的发病学原因而引起新的变化。如此，原因和结果交替不已，疾病就不断发展起来。前述的糖尿病时糖代谢、脂类代谢和酸碱平衡相继发生紊乱，便是疾病时因果转化的一个例子。又如，原始病因机械暴力短暂地作用于机体，可使组织受损，血管破裂而导致大出血，大出血使心输出量减少和动脉血压下降，血压下降可反射性地使交感神经兴奋，皮肤、腹腔内脏的小动脉、微动脉等乃因而收缩，这种血管收缩虽可引起外周组织缺氧，但却可减少出血，在一定时间内又可维持动脉血压于一定水平，故有利于心、脑的动脉血液供应。外周组织（主要是皮肤和腹腔内脏）持续的缺血缺氧将导致大量血液淤积在毛细血管和微静脉内（参阅第十章），其结果是回心血量锐减，心输出量进一步减少和动脉血压进一步降低，组织缺氧就更严重，于是就有更多的血液淤积在循环中，回心血量又随之而更加减少。可见，组织缺血缺氧，毛细血管和微静脉内大量血液的淤积。回心血量减少，动脉血压降低等几个环节互为因果，循环不已，而每一次因果循环都能使病情更加恶化，故这种循环称为恶性循环（vicious circle）。实际上，严重外伤时机体内的因果转化情况还要复杂得多，上面所述，仅仅是一个概略的轮廓而已。
认识疾病发展过程中的因素转化以及在某些疾病某些情况下可能出现的恶性循环，对于正确地治疗疾病和防止疾病的恶化，具有重要意义。在上述的严重外伤发展过程中，如能及时采取有效的止血措施和输血输液，就可以阻断上述连锁反应的发展，从而防止病情的恶化。如果恶性循环已经出现，则可通过输血补液，正确使用血管活性药物，纠正酸中毒等措施来打断恶性循环，使病情向着有利于机体的方向发展。
随着因果转化的不断向前推移，一些疾病就可以呈现出比较明显的阶段性。例如，在上述的严重外伤引起出血性休克的过程中，机体可经历休克初期（微循环缺血期）、休克期（微循环淤血期）和休克期晚期（难治期）第三期（参阅第十章）；严重大面积烧伤患者往往要经历休克，感染，肾功能不全等几个阶段；各种传染病则一般要经历潜伏期，前驱期，显明期和转归期等几个阶段；在伤寒病历时数周的显明期中，患者的临床表现。回肠病变和免疫反应等等，每周都不相同。具体分析疾病各阶段中的因果转化和可能出现的恶性循环，显然是正确处理疾病的重要基础。
分析许多疾病中因果转化的连锁反应，可以看出其中两类变化：其一是原始病因引起的以及在以后连锁反应中继发出现的损害性变化，其二则是对抗这些损害的各种反应，包括各种生理性防御适应性反应和代偿作用。损害和抗损害反应之间相互依存又相互斗争的复杂关系是推动很多疾病不断发展演变，推动因果连锁反应不断向前推移的能基本动力。前述的机械暴力作用于机体例子中，组织破坏、血管破裂、出血、缺氧等属于损害性变化。而动脉压的初步下降所致的反射性交感神经兴奋以及因而发生的血管收缩，由于可减少出血并在一定时间内有助于维持动脉血压于一定水平从而有利于心、脑的动脉血液供应，故属抗损害反应。此外，同时发生的率加快、心缩加强可以增加心输出量，血液凝固过程加速又有利于止血，因而也属抗损害反应。如果损害较轻，则通过上述抗损害反应和适当的及时治疗，机体便可恢复健康；如损害严重，抗损害反应不足以抗衡损害性变化，又无适当的治疗，则病人可因创伤性或失血性休克而死亡。可见，损害和抗损害反应之间的对比往往影响着疾病的发展方向和转归。应当注意的是有些变化可以既有抗损害意义又有损害作用；而且，随着条件的改变和时间的推移，原来以抗损害为主的变化可以转化为损害性变化。例如，上述的创伤时的血管收缩有抗损害意义，但血管收缩同时也有使外周组织缺氧的损害作用，而持续的组织缺血缺氧，将导致微循环障碍而使回心血量锐减（参阅第十章），这就说明原来有抗损害意义的血管收缩，此时已转化成为对机体有严重损害作用的变化。正确区分疾病过程中的损害性变化和抗损害性反应，有重要的实践意义。在临床实践中，原则上应当尽可能支持和保持抗损害性反应而排除或减轻损害性变化，但当抗损害性反应转化为损害性变化时，就应当排除或减轻这种变化。目前，休克治疗中常应用血管扩张药来改善组织的动脉血液灌流以减轻或消除组织缺氧，并且获得较好效果，其理论基础就在于此。
对不同损害所发生的抗损害反应往往各有特点。例如，创伤时的反应已如上述，而在炎症性疾病时，机体的局部反应往往是渗出和增生，全身反应则可有发热、白细胞数目的变化等。然而，不同的损害也可引起某些共同的反应。例如，各种强烈因素如麻醉、感染，中毒、出血、创伤、烧伤、休克、过冷等，都能引起机体的应激反应（stress reaction），即通过下丘脑一腺垂体引起肾上腺皮质激素大量分泌，从而使机体的防御适应能力在短期内有所加强。这是常见于各种急性危重疾病的一种非特异性损害反应，对机体适应各种强烈因素的刺激起着重要作用。
疾病时抗损害反应的一个重要方面是各种代偿和适应反应。例如一侧肾功能完全丧失后对侧健康肾可加强活动而维持正常的泌尿功能；组织缺氧时，糖酵解过程加强，氧合血红蛋白释放氧的能力和组织利用氧的能力增强；某些组织和细胞坏死后发生的再生等等。
疾病时机体内发生的反应，主要是对抗损害的，但又不是所有疾病时的所有反应都针对损害的。例如，在许多致病微生物引起的疾病，机体的反应不是仅仅针对微生物所造成的损害，而十分重要的正是机体的免疫反应也是针对微生物本身和／或其他代谢产物的。
损害和抗损害的斗争，诚然是许多疾病时的一个重要问题。但是，在红绿色盲、唇裂、腭裂、多指症、先天愚型、睾丸女性化（testicular feminization）、先天性睾丸发育不全（Klinefelter’s syndrome）以及由遗传缺陷所引起的种种严重畸形的患者，有明显的机能、代谢和形态结构上的异常变化,但在他们身上似还很难找出令人信服的损害与抗损害反应的斗争；即使有这种斗争，但能否作为决定疾病发展方向的主要矛盾，亦尚属疑问。