真菌与细菌不同，前者可像哺乳动物细胞，有细胞核、核膜和染色体，而细菌只有单个染色体，并无真正的细胞核和核膜。真菌可有性或无性繁殖，各种孢子具有其分类学特征。真菌存在于自然界可为一种形状，而在受染宿主内则形态可以异样。放线菌介卡菌抗酸染色像结核菌，而且无细胞结构，对抗真菌药物不敏感，而对噬菌体和抗细胞药物敏感，又像细胞。
有些真菌感染具有地方性差异。种族和内分泌因素也可能有一定影响。健康人体对真菌具有较强的抵抗力，在下列条件真菌可进入肺部，并引起肺部真菌感染。真菌多在土壤生长，孢子飞扬空气中，可吸入肺部（外源性），例如曲菌、奴卡菌、隐球菌、荚膜组织胞浆菌。有些真菌为口腔寄生菌，当机体免疫力下降（如糖尿病）可引起肺部感染，例如念珠菌为口腔、皮肤、肠道和阴道的寄生菌；放线菌为口腔龋齿寄生菌。体内其他部位真菌感染还可经淋巴或血液循环到肺部，例如颈部、膈下病灶中的放线菌，这些都是继发性肺部真菌病。静脉高营养疗法的中央静脉插管如保留时间长，高浓度葡萄糖虽不适合细菌生长，但白色念珠菌能生长，可引起念珠菌败血症。
近年来由于抗生素、激素、细胞毒性药物和免疫抑制剂的广泛应用，肺真菌感染病例有逐渐增多趋势。病理改变可有过敏、化脓性炎症反应或形成慢性肉芽肿。X线表现多种多样，无特征性，可为支气管肺炎、大叶性肺炎或称慢性小结节，乃至肿块状阴影。诊断主要依靠培养结果的真菌形态学辨认。血清学试验、抗原皮试只供参考。目前尚无很理想的药物，两性霉素B对多数肺部真菌仍为有效药物，但由于其副反应较多，使其应用受到限制。其他药物尚有氟胞嘧啶、米康唑、酮康唑、制霉素等也可选用。临床所见真菌肺炎常继发于大量广谱抗生素、肾上腺皮质激素、免疫抑制剂等的应用，也可因体内留置导管而诱发。因此，医务人员应注意预防，这比治疗更为重要。本节重点阐述临床较常见的肺念珠菌病和肺曲菌病。
【肺念珠菌病】
肺念珠菌病（candidiasis或moniliasis）是由白色念珠菌或其他念珠菌所引起，临床上有二种类型，也是病程发展中的两个阶段。
一、支气管炎型
有类似慢性支气管炎症状，咳嗽，咳粘液性痰，有时呈乳白色，多不发热。X线显示两肺中下野纹理增粗。
二、肺炎型
类似急性肺炎、发热、畏寒，咳白色粘液痰，有腥臭味，亦可呈胶冻状，有时咯血、气急。X线显示支气管肺炎样阴影，两肺中下野有弥漫点状或小片状阴影，亦可呈大片肺炎阴影，时有变化起伏，还可有多发性脓肿。少数病例可并发渗出性胸膜炎。
健康人痰中约有10％－20％可以查见念珠菌。诊断肺念珠菌病，要求连续3次以上痰培养有白色念珠菌生长，涂片可以查见菌丝，或经动物接种证明有致病力。在念珠菌败血症时，血、尿和胸脊液培养可阳性。
为了排除寄生于咽喉部的念珠菌污染，留痰标本时应先用3％双氧水含漱数次，不用头一两口痰，而取以后痰标本，新鲜送作培养。亦可取支气管镜或气管吸出液送检。要注意勿使痰液在室温存放太久，否则亦会有菌丝体生长。
轻症患者在停止诱发本病原因（如广谱抗生素、激素、免疫抑制剂和体内放置的导管）后，常能自行好转。重症则需用两性霉素B治疗，先每日0.1mg/kg溶于5％葡萄糖水中缓慢避光静滴，每日增加5mg，至每日30－40mg（不超过50mg），维持治疗1－3个月，总剂量1－2g。滴流中加用肝素有助于防止血栓性静脉炎。药物副反应有肾、肝功能损害，心律不齐，心痛，消化道不适及寒颤、发热等，应注意观察。亦可加用氟胞嘧啶，每日口服50mg/kg，1－3个月。副反应有胃肠道不适，药物热，骨髓受抑制和肝功能损害，单用时白色念珠菌容易产生耐药性。氟康唑每日顿服50mg，必要时可增至每日100-200mg，亦可先静脉滴注，病情稳定后改为口服。酮康唑每日口服0.2-0.4g，偶有肝功能减损，较长期服用者应定期检查肝功能。咪康唑亦具广谱抗菌作用，每日600-1200mg分2－3次溶于5％葡萄糖液250ml于1－2小时滴完。疗程2－6周或更长。
【肺曲菌病】
肺曲菌病（pulmonary aspergillosis）主要由烟曲菌（aspergillus fumigatus）引起。该菌寄生在上呼吸道，只有在慢性病患者机体免疫力降低时才能致病。
空气中到处有曲菌孢子，在秋冬和阴雨季节，当储藏的谷草发热霉烂时更多。吸入曲菌孢子不一定致病，大量吸入才能引起急性气管-支气管炎或肺炎。本病常继发于肺部已有疾病，如支气管囊肿、支气管扩张、肺炎、肺脓肿等。
曲菌的内毒素使组织坏死，病灶为浸润性、实变、支气管周围炎或粟粒状弥慢性病变。临床上有四种类型。
一、支气管-肺炎型
曲菌菌丝在支气管粘膜上生长，但不侵入管壁。粘膜炎症轻微，有咳嗽、咳痰（痰可呈棕黄色）、低热等。如侵蚀肺组织，则可引起局限性的曲菌肉芽肿或肺炎、肺脓肿。
二、变态反应性曲菌病
对曲菌过敏者吸入大量孢子后，阻塞小支气管，引起短暂性肺不张，也可引起远端肺部出现反复游走性浸润。患者畏寒、发热、乏力、有刺激性咳嗽，咳棕黄色脓痰，有时带血。痰中有大量嗜酸粒细胞和曲菌丝。烟曲菌培养阳性。患者有显著哮喘，周围血嗜酸粒细胞增多。
三、曲菌球
曲菌寄生在肺部慢性疾病所伴有的空腔内（如肺囊肿、支气管扩张、肺结核空洞中）繁殖、储积，与纤维蛋白和粘膜细胞凝聚形成曲菌球，在X线下可见在原有的慢性空洞内有一团球影，随体位改变而在空腔内移动。曲菌球不侵犯组织，不引起病人全身症状，只有刺激性咳嗽，有时可反复咯血。由于曲菌球与支气管多不连通，故痰不多，痰中亦常无曲菌发现。
四、继发性肺曲菌病
重病患者（如白血病、淋巴瘤）的终末阶段，以及使用广谱抗生素、免疫抑制药物或各种原因导致机体免疫力低下者，肺部所伴曲菌感染是局限性肉芽肿或广泛化脓性肺炎，伴脓肿形成。病灶呈急性凝固性坏死，伴坏死性血管炎、血栓和菌栓，甚至播及胸膜、脑膜、肝、脾等全身脏器，预后很差。
诊断肺曲菌病除职业史、临床表现和X线检查外，确诊有赖于培养和组织学检查。多次痰涂片或经纤支镜刷检取样，可以见到菌丝和直径约2－3um的圆形棕色或暗绿色孢子，顶端膨大如菊花状。培养出现灰绿色芽生菌落，镜检证实有分孢子和成链的孢子。变态反应型者痰内还可见大量嗜酸性粒细胞。用曲菌浸出液作抗原皮试，变态反应型病人有速发型反应，提示有IgE抗体存在。血清沉淀试验（存在IgE抗体，Ⅲ型变态反应）或琼脂扩散试验对本病诊断亦有帮助。
治疗化脓性肺炎和血播性曲菌病亦采用两性霉素B，也可采用氟胞嘧啶或羟芪巴脒（hydroxystilbamidin）。变态反应型曲菌病可加用糖皮质激素、支气管解痉剂。曲菌球病灶局限且反复大量咯血者可行手术切除，因抗真菌药物效果不佳。