（一）煮沸
是最简单有效的消毒方法，不需要特殊设备即可进行。杀灭繁殖型细菌与病毒效果好，对芽胞作用较小。煮沸时间一般为10～30分钟。金属器械、棉织品、餐具、玻璃制品等可用煮沸消毒。但毛皮、呢绒和塑料制品等不能煮沸消毒。煮沸法不适用于芽胞污染的消毒。
（二）高压蒸气灭菌
为医院常用的方法，是一种可靠、经济、快速灭菌的方法，灭菌后无残留毒笥。121℃灭菌时间为30分钟，126℃为20分钟，需消毒的物品包装不可过大、过厚或过紧，一般为20cm×30cm×40cm，外包材料要有良好蒸汽穿透性，又能阻挡微生物入侵，常用平纹布或医用包装纸。一般压力为1kg/cm2，20～30分钟，即可达到消毒效果。
（三）紫外线
消毒用紫外线灯管有15W、20W、30W等规则。瓦数代表灯管在25～40℃时紫外线输出能量。灯管寿命一般为3000～4000小时，超过此时限效果不可靠。紫外线对一般细菌、病毒均有杀灭作用。革兰阴性菌最敏感，其次为革兰阳生菌。但结核杆菌却有较强抵抗力。一般紫外线消毒对细菌芽胞无效。
紫外线广泛用于室内空气消毒，如手术室、烧伤病房、传染病房、实验室等。灯管距地面约2.0～2.5m高。每10～15cm2面积可设30W灯管一个，最好每照射2小时后，间歇1小时后再照，以免臭氧浓度过高。灯管用铝制灯罩作反向或侧向照射，可用于有人在的条件下消毒空气。
对污染表面消毒时，灯管距表面不超过1m，灯管周围1.5～2cm处为消毒有效范围。消毒时间为1～2小时。
（四）电离辐射灭菌
是应用γ射线与高能量电子束照射消毒，可在常温下对不耐热物品灭菌，故又称“冷灭菌”。对微生物有广谱杀灭作用，不残留有害化学物质。我国有几个大城市已建立大型核辐射基地。国际上已普遍采用电离辐射对金属、橡胶、纤维、玻璃、塑料、高分子聚合物（如氟碳化合物整复手术材料、有机硅导管等）、精密医疗器械（如人工心肺、透析器、吸引器等）、生物医学制品（心脏瓣膜、人工器官等）、节育用品等灭菌，实践证明，该法处理医疗产品，安全、有效。我国已开展医疗用品的灭菌服务，如一次性输液器、注射器、人工瓣膜和手术器械等。值得注意的是目前有些单位产品（如一次性输液器）灭菌不彻底。
此外，焚烧、流水冲洗等物理方法消毒也常用。