近交品系的命名，国际上已有统一规定，由国际实验协会（ICLA）负责，自1952年以来，近交系小鼠标准命名委员会对承认的近品系小鼠每四年公布一次，1984年第八次公布了250个品系，其中包括各个系或株（stock）的历史、来源、独特的生物学特性等介绍，以及人名、单位名的规定写法和遗传背景、基因组成、缩写符号及其相应品系的标准命名等。这些资料供全世界参考，在进行新的命名时可避免重复及混乱。
近交系动物国际命名的规则是根据动物的来源、历史和培育经过而命名的，用一系列的字母及数字来表示。
1．一般均用一个或几个大写英文字母表示，如A、AE、BA、AKR、DBA、NZB、STAR、NMRT、NYLR、NZBR等。
2．有些品系可在大写英文字母间加入一些阿拉拍数字来表示，如C3H、C57BL、C57BR、C57L、CC57W、CC57BR等。
3．非正规的命名，如果已广泛为国际所共知者，则可保留沿用，如：“129”、“101”、“615”等。
4．近交代数表示，一般是在品系符号后括号里写上代数，并在代数前加写“F”（Filial的缩写），例如A（F78）。如果由于资料不全，可以写上已知代数，在代数前面加下问号，如AKR（F？+10）如系从其它实验室引入的近交系或亚系，又经自己实验室若干代的繁殖，其近交代数的表示方法是在F符号后，先标明引入时的子代数，再加上自己实验室繁殖的代数，如C57BL/Jnga(F73+26)，即表示此亚系是73代时引入的，又经自己培育了26代。
5．书写品系命名符号要写全，应使用公布的全称，不能随便缩写（这里指的是写论文报告，在材料方法一栏里一定要把品系命名符号写全。这样才能说明所指的是哪个品系或亚系）。例如，C57这个缩写可意味着七、八个特征不同的品系（如C57BL及其亚系6个，C57BR/cdJ,C57L）。只写C57BL就包括有几个特征不同的亚系（如C57BL/1，C57BＬ/6J、C57BL/6N、C57BL/10J等）。所以，若只写C57或C57BL都是品系名称未书写完全。同样，只写CBA亦为不确切的书写法，因为它也有若干个特性不同的亚系，如CBA/J是有视网膜退变基因的，而CAB/ca则没有这种基因，两者对放射线的敏感性也不一样，组织相容性也不同，至少有5个位点不同的。
6．国际上公认的品系缩写：已公布的品系缩写有：AKR-AK，BALB/c-C，CBA-CB，C3H-C3，C57BL-B，C57BL/6-B6，C57BL/10-B10，C57BR-BR，C57L-L，DBA/1-D1，DBA/2-D2，HRS/J-HR，RⅢ-R3。
7．品系符号的优先权：任何品系或亚系命名均应参照国际命名委员会的规则命名，如果出现两品系命名符号相同，则保留先正式公布者，并以发表《Mouse News Letter》（小鼠新闻通讯）或《Inbred Strani of Mice》（近交系小鼠）两个刊物上的品系灵为准。但一些著名的、国际广泛使用的品系则不在此限。
（一）亚系的定义和形成
亚系（Substrain）是由同一个近交系分离出来的具有各不相同特性的品系。亚系可由下列途径形成：
1．在同一研究室里，从近交品系中分离出来，从兄妹交配繁殖达8～19代之后分开饲养，分开后不与其它品系混交，再继续兄妹或亲子近交12代以上者。如此可获得具有一定特殊性状的品系。
2．一个近交品系从一个研究机构或研究者转送到另一个机构或研究者哪里，经相当代数饲养，并与其它品系混交者。
3．当发现有某些基因变异时，可培育成具有某些特殊性状的亚系动物。
（二）亚系的命名表示方法
1．在原亲本品系名称的后面加一条斜线“/”，再在斜线下标上适当的亚系符号，亚系符号可分为两类。
2．一类亚系符号是用研究人员或研究机构名称的缩写英文字母，第一个字母须大写，随后字母要小写。
（1）用研究人员名称的缩写字母表示，如A/He,这里，He即做为亚系符号，He是人名Heston的缩写，即美国国立肿瘤研究所W·E·Heston博士，A/He可称为A系的Heston亚系。
（2）用研究机构名称的缩写字母表示，如A/jax或J，Jax或J为美国著名的肿瘤研究机构Jakson实验室。
（3）老亚系中出现新亚系，即当一个亚系从一地方迁移到另一个地方，即被另外一个人培育而成新的亚系时，最好老名也保留，可在老亚系符号后面加一新亚系符号。如YBR/HeW；就是将YBR小鼠的Heston亚系，迁移到Wilson处而成的一个新亚系。这样就能通过命名表示系发展的历史和变迁顺序。如果把前一节删去，写成YBR/Wi也可以，但就割断了历史，应在记录中加以说明。又如，C3H是小鼠高癌品系，Strong氏发现的第一亚种是40年前发现的，目前已繁殖了50或更多的世代，现在世界上至少已有四个大的亚系；①最早的亚系是Strogn发现的，故以C3H/ST表示；②以后，1930年又由Anderant氏分离出，故叫C3H/An；③1931年Bittner氏引入后培育到13代以上，又叫C3H/B；④1941年又由Heston分离，故又定名为C3H/AnHe或叫C3H/He。现已证实这些亚系之间虽然都是由C3H来的，但已发生了重要的变异，有人实验指出C3H亚系间对于病毒诱发白血病的敏感性差异明显，C3H/B有18.4%产生白血病，而C3H/He小鼠只有1.2%产生白血病。
3．另一类亚系符号是用阿拉拍数或小写英文字母作为亚系的符号。
（1）用阿拉拍数字表示：一般用于一个品系或亚系分离形成两个亚系或两个新亚系，并仍在一个实验室饲养，可在原品系符号末尾用数字作为亚系符号，其前可加（也可不加）斜线，但一般都加斜线，如A/HeCrgl/1及A/HeCrgl/2，这是美国加利福尼亚大学癌肿研究遗传实验室在同一研究室里形成的两个亚系，以1和2为新亚系的区分，当然也可写成A/Crgl/1和A/Crgl/2。
（2）用小写英文字母表示：当一个品系（或亚系），分离成两个亚系（或新系）而远未达到基本近交繁殖以前，其符号可用小写英文字母表示。如C57BR/a和C57BR/cd，这两个亚系分别是在全同胞交配到第9代和第13代分离时而命名的，如果一个品系（或亚系）分离形成的两个亚系（或两个新亚系），兄妹交配达20代以上者，就不要用数字或小写字母来命名。纵然有少数例子，如DBA/1和DBA/2，因其在国际上已被广泛沿用，算是例外。
4．因代乳、卵或卵巢移植所形成的亚系。
（1）代乳（Foster Nursing）的亚系以“f”作符号，写于原品系名之后。如C3Hf表示这C3H是通过代乳养大的亚系。还可写得更清楚，把寄奶雌鼠的品系名也写在f之后，如C3HfC57BL，或缩写成C3HfB，即表示C3H是由C57BL代乳的。
（2）受精卵转输（Dva Transfer）或卵巢移植（Ovary Transplant）用“e”或“o”（即卵eggs或Ova第一个字母）符号表示。如AeB，即A的受精卵转输到C57BL母鼠的子宫。另外还可以与其它亚系符号联用，如A/HefB。
当两个亚系之间连接有代乳号“f”或转输符号“e”或“o”时，为了避免符号混乱，可以将f或e或o用希腊书法写在两个品系或亚系符号之间较下方。例如，A/HefB,即A的Heston亚系，由C57BL代乳。
5．复合亚系符号（Compound substrain symbols）
由于代乳或导入一个外来基因而形成的复合株则需用复合亚系符号。这种符号要体现出品系发展的历史和时间顺序。譬如采用代乳、卵或卵巢移植、基因突变、导入外来基因以及是谁培育或是谁保种等等都可以通过复合亚系符号按历史时间的顺序表达出来。
（1）亚系符号写在品系符号后面，例如BALB/cf，DBA/2eB,C3H/Ha-p。其中C、2、Ha为亚系符号，亚系符号后面的符号f、e、p分别说明代乳，受精卵转输各突变种。
（2）亚系符号后面记上处理过程或导入基因的符号，在亚系符号后面的位置上涉及代乳或受精卵转输以及目前保种者或研究室名称的符号。例如DBA/2eB/De或DBA/2eBDe，即这个亚系是由Deringer把DBA/2的受精卵转输C57BL，由Deringer保种。又如C3H/Hef/Ha，即C3H/He由Heston用代乳鼠代乳，目前由Hauschka保种。又例如CBA/Ca-se/Gn，即Carter的CBA亚系具有Se基因突变（短耳Shortear），由Green保种。
这里要说明的是，类似DBA/2eBDe，在“De”这个位置上的符号，其含意有三；代表培育这个品系的人，保种者，或兼而有之。即究竟是由Deringer建立此品系，还是由它保种或二者兼者，这需要由记录说明，所以应当登记清楚。
6．冰冻保体传代的近交系小鼠命名规则。
（1）凡冰冻保存的品系，即在品系标准命名符号之后加小楷英文字母“p”，即Preservation by freezing(冰冻保存)。
（2）若冻存胚胎移植到同一品系母鼠子宫内代育时则命名符号不需改变。例如：C57BL/6p 即指C57BL/6的冻存卵移植到C57BL/6母鼠子宫内代育。
（3）如果冻存胚胎移植到不同品系母鼠的子宫时，应在被代育品系标准命名符号后面加上e ,例如：C57BL/6pe、CBA/H是指C57BL/6的冻存受精卵移植到CBA/H母鼠的子宫里（其中的H是指Har Weu亚系的符号）。
（4）亚系符号中应表示出冻存的人或实验室符号，其人名、单位名可接着写，如C57BL/6peCAB/HBy，其By即表示此品系是由D·W·Bailey冰冻的。
（5）近交代数、冰冻保存与解冻年份加在p后面的括号内，冰冻前后代数写在括号外左右两侧。如F37+（p1975-1977）+F16，是指1975年近交繁殖达37代时作冰冻保存，到1977年解冻，自解冻后又进行近交繁殖达16代。
如果冰冻与解冻是由不同的人或单位所作，则可以在括号里说明，如（p175By-1977H），是指1975年由D·W·Bailey冻存，到1977年由Harwell，（是英国M·R·C放射生物学部门所在地）解冻。
7．近交品系动物综合表示方法
DBA/1fLACA/LAC
DBA表示小鼠近交品系的名称；
“1”表示亚系；
f表示代乳；
ACA表示代乳母鼠的品系名称；
LAC表示培育单位代号。
上述一串符号初看起来很复杂，但只要按上述介绍的命名规则细加分析，就很容易看明白，这是由英国实验动物中心（LAC）用自己培育的LACA小鼠代乳而培育的DBA/1小鼠。有这样的命名法，大家就可以清楚地知道这些的交系动物的来源、历史和培育经过。
又如：C57BL/6J
“C”代表Cold Spring Harbor Labaratory；
“57”代表第57号雌鼠；
“BL”代表BLACK（黑色）；
“6”代表亚系的数字；
“J”代表Jackson Laboratory。
8．亚系常用的代号。
An:美国国立肿瘤研究所的H·B·Andervont博士。
BCr:Birmingham大学肿瘤研究所。
Cd:比利时Libre大学Albert Claude博士。
COBS:Caesarean Originated Bustained Animals,用无菌手段取出后养在封闭系统。
Crgl:美国伯克莱加利福尼亚州大学肿瘤研究所遗传实验室。
CRJ:日本Charles River Japan,Inc公司。
FO：美国Michigan州Detroit大学生物系P·Forsthoefel博士。
Gr:英国伦敦大学动物系H·Grunebery博士。
Gro：荷兰Groninge大学遗传研究所。
H:英国医学研究协会放射医学部门所在地Harwell。
Han：德国Hannoverlinden Versuchstierzueht中心研究所。
He:美国国立肿瘤研究所的W·E·Heston博士。
H-2：Histocompatibility-2allele组织相容性抗血清Ⅱ型的特性。
ICIA:International Committee on Laboratory Animals Science。国际实验动物科学委员会。
ICR：美国国立肿瘤研究所（Institute for Cancer Research）。
ICRC：印度癌肿研究中心（India Cancer Research Centre）。
J或Jax：美国杰克逊实验室（Jackson Memoriel Laboratory）。
JCL：日本柯力亚（Clea）公司（株式会社）。
JCR：日本国立肿瘤研究所。
Jic：日本（财）实验动物中央研究所。
JMC：日本东京大学医科研究所（田鸠加雄）。
Ka：美国加利福尼亚Stanford大学医学院放射原系H.S.Kaplan博士。
Ki：美国Ohio大学医学院Kirschbaum纪念研究室。
Lac:英国M.R.C实验动物中心（Laboratory Animals Centre.Carshalton,Surrey,England）。
Mcl:英国苏格兰爱丁堡动物遗传研究所A.Mclaren博士。
M.K：日本北海道大学理学部（牧野佐二郎）。
MS：日本（Misima）国立遗传学研究所（吉田俊秀）
N或NIH：美国国立卫生研究院（National Institute of Health。）
Pi:美国Utan大学医学院的H.I.Pilgrim博士。
Rd或Rol：法国巴黎G.Rudali博士。
Scr:美国Lajolla Calif Scripps临床和基础研究基金会实验病理系。
S.P.F：无特殊病原体动物或称无致病病原体动物（Specific Pathogen Free,Animals）。
Umc:美国Minnesota大学医学院生理系。
W.H.O世界卫生组织（World Health Organization）
Y：苏联Yurlov邮政实验动物研究所遗传系。