关于自身抗体产生的机理众说纷纭，十分复杂，免疫细胞化学和其他方法的结合，有助于从形态、功能和代谢三个方面深入探讨。根据目前研究的情况，有以下几种学说。
Opelz等将T细胞与先经放射线照射的自身非T细胞共同培养时，发现了T细胞的增殖反应（3H-TdR渗入增加）。这是T细胞识别非T细胞单核-巨噬细胞、B细胞、Null细胞上的自身HLA-DR分子而发生的反应，即在无非已抗原的参加下，只通过识别自身万分就可诱导产生TH、TK功能。其反应过程中，首先OKT4+的TH与单核-巨噬细胞上的DR分子相互反应，一方面导致TH活化，细胞膜上出现白细胞介素-1（IL-1）受体，另一方面也导致单核-巨噬细胞释放IL-2，IL-2，再刺激某一OKT4+TH亚群产生辅助B细胞的B细胞生长因子（BCGF）和B细胞分化因子（BCDF），同时也刺激已活化的OKT4+细胞分化，增殖抑制或杀伤功能，对B细胞和TH细胞实施抑制。自身淋巴细胞间的免疫调控反应，对于维持免疫系统的自身稳定十分重要。当机体的某种自身成分受到化学或生物因素的修饰成为自身抗原时，在正常的这种调控反应下，将自身抗原成分清除。若此控调反应发生紊乱，IL-2生成受阻，自身抗原成分不能被清除和形成长期的刺激TH及B细胞失控，导致产生大量的自身抗体，引起机体发生自身免疫反应和发生疾病。因此，在自身免疫性疾病的病变和血清中可查出自身抗体。
免疫系统对自身抗原产生免疫耐受的机制，与抗原决定簇结合的载体分子的特异性有密切关系。各种多糖、脂类、核酸、蛋白质等形成的自身抗原，以各自的抗原决定簇与不同的载体即自身各种组织成分结合后，以不同的方式达到了自身免疫耐受。一旦这种自身免疫耐受机制破坏，即可导致自身免疫反应，产生自身抗体。T细胞旁路学说认为，高浓度的自身抗体可使T4和B细胞免疫耐受，低浓度的自身抗原只使TH产生耐受。后者B细胞虽未致耐受，但因缺乏TH的辅助作用，也不能接受自身抗原的刺激而产生自身抗体。当自身抗原被修饰后而产生新的抗原决定簇，或与药物等半抗原结合获得新的抗原决定簇，或当病原体感染，外来抗原如同时载有外来的和自身的或模拟自身的抗原表位（epitopes）时，TH的耐受状态可以解除，恢复对B细胞的辅助作用，B细胞活化而产生自身抗体。
独特型（idiotype）是存在于抗体或淋巴细胞受体上的独特型抗原决定簇，即同一个体内不同的抗体形成细胞所产生的免疫球蛋白具有各自不同的抗原特异性。此种抗原特异性受各自细胞内的基因控制，故又称个体基因型。独特型存在于抗体分子的Fab段。
独特型的抗体即称抗独特型。独特型与其抗独特型网络的免疫调节 学说认为，当抗原刺激免疫系统时，随即出现有个体型决定簇的TH和TS细胞，它们调控B细胞产生特异性抗体（Ab1）,Ab1分子上的个体型决定簇对机体又是一种新抗原，就可以诱导出抗独特型抗体（Ab2）及带有Ab2个体型的TH和TS细胞；Ab2能抑制Ab2的生成，并能诱导出产生Ab3和带有Ab3个体型的TH、Ts细胞。Ab3能抑制Ab2生成并解除Ab2对Ab1生成的抑制。从而形成独特型-抗独特型网络。
Zanetti提出有关独特型-抗独特型网络参与自身抗体产生的可能途径：①独特型抗体直接活化载有互补独特型的自身反应性B细胞克隆。②独特型抗体具有自身抗原相关表型的影像功能（影像效应）。③独特型抗体具有双功能分子的作用，即带有可刺激载有互补独特型的克隆，也带有起影像效应的独特型，可活化有自身抗原受体的克隆。④抗无关外源性抗原（细菌、病毒、药物等）的抗体（Ab1b）可能与抗特定自身抗原的抗体（Ab1a）偶然地有共同的独特型，因而抗Ab1b的独特型抗体（Ab2b）可特异性刺激载有互补交叉反应性独特型受体的B细胞，引起自身抗体的产生。
自身抗体的产生和遗传因素关系密切。Bell等的研究发现，全身性红斑狼疮患者抗SS-A抗体阳性患者，HLA-B８抗原出现率为81%，HLA-DR3出现率为100%。显着高于抗Ro与抗nRNP阴性或nRNP阳性的患者。
自身抗体的产生机理是十分复杂的问题，尚待深入探讨，使各种学说综合统一还要进行大量的实验研究，明确自身抗体在发病机理中的作用，对诊断和治疗自身免疫性疾病有重要意义。