1979年Teffreys根据β珠蛋白基因座位近旁出现的RFLP频率同测定的核苷酸总数，推算出人体基因组的遗传异质性约为每100个核苷酸中有一个差异。后在人体DNA随机片段的文库中分离出高度变异的超变区。从1982年起，分别在人的胰岛素基因，α类珠蛋白基因，肌动蛋白基因和C-Ha-ras-1基因中陆续发现了这些超变区。这是一些很短的顺序或称“小卫星顺序”串联重复所组成。不同等位基因的重复数目也不相同。只要用重复顺序内不含切点的限制性内切酶切割，就可产生长度不等的限制性片段。
短的重复顺序分别长16、17、32、33、37、41、62、64和376bp，但这些重复顺序几乎都共有一种“核心顺序”。“核心顺序”长10～15bp。如果人工合成很短的重复顺序作为DNA分子杂交的探针，同经限制性内切酶酶切的人体DNA作Southern印迹杂交，可以得长度不等的杂交带。杂交带的数目的分子量大小几乎不可能有两个人会完全相同的，因此把这种杂交带的图型称为“DNA指纹”（DNafinger-printing），意思是DNA的杂交带型同指纹一样，也是每个人所特有的。
表23-8比较了用两种探针进行印迹杂交后，出现杂交带的长度和数目。根据计算，如果只用一种探针，则A个体DNA所呈现的杂交带型，同样出现在B个体DNA中的概率为3×10-11。如果同时用两种探针进行比较，则两个个体完全相同的概率小于5×10-19。目前全世界人口为50亿，即5×109。因此，两个个体的DNA杂交带型完全相同的可能性极小。
表23-8 随机匹配的个体间“DNA指纹”相同的概率
| 探针 | DNA片段大小（k） | 每一个体中片段出现的数目±SD | A个体中的片段也出现于B个体的概率 |
| A | 10～20 | 2.8±1.0 | 0.11 |
| 6～10 | 5.1±1.3 | 0.18 | |
| 4～6 | 5.9±1.6 | 0.28 | |
| B | 10～20 | 2.9±1.0 | 0.08 |
| 6～10 | 5.1±1.1 | 0.20 | |
| 4～6 | 6.7±1.2 | 0.27 |
1985年Teffreys等将“DNA指纹”应用于法医鉴定。他们从血斑、精斑或新鲜毛发根部抽提微量DNA后作印迹杂交。从4年前的精斑、血斑样品中仍能提取出来未降解的DNA，特别是设计出一些方法可从妇女阴道分泌物中，把混在里面的精子分离出来。从中提取DNA后可明确无误地鉴定谁是精子的供体。为法医鉴定提供一种新的有效方法。