五运六气理论反映了中医学“天人相应”的整体观念和“三因制宜”的辨治思想，尤其对复杂的临床问题，具有相当的指导应用价值。《内经》早有“必先岁气，无伐天和”之诫，以下介绍的二则病案，便充分体现了该理论的作用。
病案
郑某，男，53岁，2014年6月27日初诊。诉气短，活动后气喘，鼻塞，无流涕，不咳嗽，口干，盗汗，疲劳，来诊前曾在南京某医院经肺穿病理诊断为机化性肺炎，已口服泼尼松龙治疗4月，现仍每日服3粒，舌暗红，苔薄黄干，脉细。据证从益气阴，化痰瘀，调阴阳治疗，方选生脉散合当归六黄汤意。党参10克，麦冬10克，五味子5克，生熟地各15克，黄芪20克，炒当归10克，川连3克，黄芩10克，苏叶10克。7剂水煎服。
二诊（2014年9月10日）：动则气喘好转，但自觉怕冷，脚心冰凉，盗汗，口干苦，受凉易腹泻，纳可，二便正常，舌偏红，苔黄剥，脉细小滑。据此时运气特点予附子山萸汤合正阳汤。制附子6克，山萸肉10克，煨肉豆蔻10克，乌梅15克，木瓜10克，木香10克，丁香3克，炙甘草5克，大枣10克，生姜3片，黄柏10克，砂仁（后下）5克，当归10克，白芍12克，川芎6克，桑白皮15克，玄参15克，白薇10克，旋覆花（包）6克，陈皮6克。7剂水煎服。
三诊（2014年9月17日）：怕冷已除，口干苦亦无，无腹泻，寐差，夜半2点易醒，盗汗，胃纳可，舌暗红，苔薄，脉细滑。据证予以黄连阿胶鸡子黄汤合当归六黄汤。黄连3克，黄芩10克，阿胶珠10克，白芍12克，炙黄芪20克，炒当归10克，生地15克，炒黄柏10克，五味子5克，百合15克，鸡子黄1个冲服。14剂水煎服。
四诊（2014年9月30日）：诉药后盗汗消失，夜寐安宁。后又调治3月病情稳定，激素停服。
按：以上二则医案都是在运用常规辨治乏效，参议运气理论后方取得良好疗效的。
案一初诊时据“厥阴病欲解时”予乌梅丸方无效，因思及当下年运处于“二之气”，此时“主气，客气”均为少阴君火，遵“必先岁气，无伐天和”之训，使以血府逐瘀汤解决少阴火，因患者还有“少阴欲解时”的时运特点，做到“谨候气宜，无失病机”，复入黄连阿胶鸡子黄汤，改变思路，既遵循年运岁气，同时结合厥阴欲解时和少阴欲解时复合选方方获成功，充分体现了“求其至者，气至之时也，谨候其时，气可与期，失时反候，五治不分，邪僻内生，工不能禁也”（《素问·六节藏象论》）的学术思想。
案二初诊时按常规辨证予生脉散合当归六黄汤治疗后反应平平，二诊时考虑2014为甲午年土运太过，9月份主气客气横跨太阴湿土与阳明燥金，少阳相火，表现既有寒湿，又有阴虚内热，在患者身上反映出来的症候也是寒热两重天，既有“怕冷，脚心冰凉，受凉易腹泻”寒象，又有“盗汗，口干苦，苔黄剥质偏红”等火热之兆，故改用主以岁土太过的附子山萸汤，又选水火寒热之气见于气交的正阳汤合方，方使寒热之候均解，后叙症“寐差，夜半2点易醒，盗汗”，符合“少阴欲解时”（子至寅上），故选用黄连阿胶鸡子黄汤合用六黄汤燮理阴阳，调理气血，获得满意效果，此案证治正合“知日之寒温，月之虚盛，以候气之浮沉”（《素问·八正神明论》）之旨。
通过上述案例的剖析，更深切认识到五运六气乃“天地之大纪，人神之通应”，临床果能“审察病机，无失气宜”“得时而调之”，就能做到“毋逆天时，是谓至怡”。临床运用运气理论时，切切不可胶固，务须随机达变，因时识宜，庶得古人未发之旨，而能尽其不言之妙。