肛窦位于直肠与肛管的交界处，其开口向上，下端与肛门腺连接。肛窦底部的肛门腺分泌的液体，能润滑肛管部，对肛管起着保护作用，并有利于排便。如果肛窦内被积存的粪便或分泌物堵塞，便容易导致肛窦炎。
肛窦炎也叫肛隐窝炎，由于其症状不明显，常被医生和患者忽视。其实，肛窦炎是许多肛肠病潜在的原始感染病灶。临床研究表明，约有85%的肛门直肠病变（直肠黏膜下脓肿、肛周脓肿、肛瘘、肛裂、肛乳头肥大等）与肛窦炎有关。
在临床上，肛窦炎有急性和慢性之分。慢性肛窦炎患者多无明显的症状，但部分该病患者可有肛门坠胀感或轻微的刺痛，以及在排便时有灼痛感。急性肛窦炎患者其患处有明显的分泌物，若肛门括约肌受到炎症刺激还可出现持续性的疼痛或阵发性的钝痛。在为肛窦炎患者做肛门镜检查时，可发现其肛隐窝充血、水肿，甚至有撕裂、糜烂和溃疡的改变，而且其肛隐窝凹陷加深，有黏液、脓液或血水等分泌物，并可伴有肛乳头肥大。
肛窦炎患者在平时要养成良好的定时排便和清洗肛门的习惯，忌食辛辣食物，不饮酒，多食新鲜的蔬菜和水果，保持体内有充足的水分。肠道菌群失调的肛窦炎患者还可在医生的指导下口服三联活菌制剂——培菲康。该药主要含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌及肠球菌等益生菌，可调整人体肠道内的菌群，使其恢复平衡状态。
肛窦炎患者可进行中药局部治疗，其方法是：在排便后用40摄氏度的温水坐浴15～20分钟；或用具有清热燥湿、解毒止痛功效的中药（黄柏15克，芒硝20克，苦参30克，紫花地丁15克）煎水坐浴，坐浴后用百多邦药膏涂抹肛管，然后将一枚甲硝唑肛栓或消痔锭栓塞入肛管内。通常，肛窦炎患者可每天早晚各坐浴一次。发病急、症状重的肛窦炎患者，可加用具有清热燥湿和止痛功效的中药煎剂（大黄、黄柏、黄连各15克，加水煎煮取液20～30毫升）进行保留灌肠，每天早晚各灌肠一次。也可酌情选用抗生素进行治疗，一般治疗5～7天，如可口服头孢克洛（希刻劳），每次服0.25克，每日服3次。已有化脓病灶或隐性肛瘘的肛窦炎患者则需及时采用肛窦切开引流术进行治疗。