小柴胡汤以柴胡为名，很显然，柴胡为君，原方中柴胡用量最重，为半斤。
清代医家柯韵伯在《伤寒来苏集》中指出：“先辈论此汤，转旋在柴、芩二味，以柴胡清表热，黄芩清里热也。卢氏以柴胡、半夏得二至之气而生，为半表半里之主治，俱似有理。然本方七味中，半夏、黄芩俱在可去之例，惟不去柴胡、甘草，当知寒热往来，全赖柴胡解外，甘草和中，故大柴胡去甘草，便另名汤，不入加减法。”
本段论述，似有所偏，没有黄芩相配，柴胡便不足以治少阳病，口苦、咽干也就无由而解。但本段论述强调小柴胡汤中柴胡的重要性是可取的。尤其是治疗寒热往来，或者治疗发热，需倚重柴胡。笔者治疗少阳病之寒热往来，每取柴、芩相配。而治疗少阳病发热，每独取柴胡而不用黄芩。
《神农本草经》中柴胡位居上品：“气味苦、平，无毒。主心腹肠胃中结气、饮食积聚，寒热邪气，推陈致新。久服轻身，明目，益精。”
古人在长期的临床实践中，发现柴胡可以除在表之寒热邪气，可以去除在里之心腹肠胃中结气、饮食积聚。可以使周身表里上下气机畅通，暗含推陈致新之功。后世医家在此基础上对柴胡的性味功用作了进一步的界定和发展。如王好古在《汤液本草》中有如下记述：“柴胡气平，味苦辛。”“少阳经、厥阴经行经之药”。东垣云：“能引清气而行阳道，伤寒外诸药所加，有热则加之，无热则不加。又能引胃气上行升腾，而行春令是也。”“柴胡泻肝火（黄连佐之），柴胡泻胆火（亦以黄连佐之）。”“柴胡泻三焦火（黄芩佐之）。”
也许，后世医家对柴胡的认识，并不一定符合《伤寒论》中张仲景对小柴胡汤中柴胡的认识。但柴胡的归经属脏、升浮降沉，有助于我们临证中对柴胡的使用和对小柴胡汤的使用。
清代医家叶天士在《临证指南医案》中提到“柴胡劫肝阴”，且其用小柴胡汤治疗温热病时，每以青蒿代柴胡。吴鞠通在《温病条辨》中指出：“青蒿较柴胡力软，且芳香逐秽、开络之功则较柴胡有独胜。”
从“伤寒”至“温病”，方药的发展是一种必然。叶天士在临证中发现，对于部分温热病邪在少阳，使用柴胡，尤其是较大剂量的柴胡，有增热伤阴之弊，于是提出了“柴胡劫肝阴”之说。同时，又经临证体验，以青蒿代柴胡，既能透邪外出，又无增热伤阴之弊。
当然，每位中医的临床体验仅仅是个人的临床体验。这些临床体验，包括随之而产生的理论阐述，也仅仅是供后学者学习、借鉴。任何一位后学者都不可能被某一位先行者完全限定其前行的脚步。我们既不能因有“柴胡劫肝阴”之说而不敢用柴胡，或只敢用极少量（以分计）；也不能无视“柴胡劫肝阴”之说而肆意滥用柴胡，或大剂浪用。
笔者临证体会，柴胡确有使舌苔变少之作用。作为风药，柴胡偏燥，从其药性来讲，确有伤耗阴津之偏。
“方之既成，能使药各全其性，亦能使药各失其性。”（《医学源流论》）柴胡是否劫肝阴，不仅取决于其自身之性味，更取决于其在方剂中的配伍和剂量。