保和丸实由三组药组成。
第一组药是消食药：山楂、神曲、莱菔子（即萝卜子）。吴昆在《医方考》中指出：“山楂甘而酸，酸胜甘，故能去肥甘之积；神曲甘而腐，腐胜焦，故能化炮炙之腻；卜子辛而苦，苦下气，故能化面物之滞……”汪昂在《医方集解》中指出：“山楂酸温收缩之性，能消油腻腥羶之食；神曲辛温蒸窨之物，能消酒食陈腐之积；卜子辛甘下气而制面……”两位医家都提到了方中每味消食药都有其偏性。临证时，伤食患者也并非肥甘、炮炙、面物等等必需俱伤。那么，我们在用方时，也并非山楂、神曲、莱菔子必需三药并用，可以随证并用，也可以随证取其一、二，还可以根据药物偏性和所伤之物及其兼夹证，随宜取用炒谷芽、炒麦芽、炒槟榔等消食之品。当然，方中也不一定需依原方山楂为君，量最大。
第二组药是二陈汤去甘草。二陈汤具有和胃化痰之功。食积每致胃呆痰阻，故在消食化积的同时佐以化痰和胃。不用甘草，免其甘缓影响消导畅中之功。
第三组药是连翘。初学保和丸时，总也不能理解方中为何使用连翘。
方书中多谓连翘清热，因食积易于化热，《医方集解》中所谓“积久必郁为热”。但食积并非积“久”，也不一定必然化热，临证治疗食积，也并不一定要加用清热药。
也有学者认为，大剂的连翘有很好的止吐作用，这是保和丸中使用连翘的高明之处。但，食积证并非必然呕吐，方中连翘也并非使用大量。
清代医家费伯雄在《医方论》中明确指出：“惟连翘一味，可以减去。”
当代医家焦树德在《方剂心得十讲》中对保和丸中使用连翘有大段的阐述：“此方妙在加入连翘一味。该药微苦性凉，具有升浮宣散、清热散结之力，在大队消食导滞和中降气之品中加入连翘，不但能清郁热、散滞结，而且用其升浮宣透之力，以防消降太过而使全方有升有降，有消有散，有温有凉，有化有导，呈现出一派活泼生机。再者本品善理肝气，既能舒散肝气之郁，又能苦平肝气之盛。在脾胃积滞，中运不健之机，加入平肝舒郁之品，更能防肝来乘。可见本药在本方中实具有画龙点睛之作用。使我们更能体会前贤对中药深入领悟和善于妙用的精神。”
此类说理可谓精彩，但对临床医生来说似乎帮助不大。连翘在方中果真可防消降太过？可使全方呈现活泼生机？可防肝木来乘？笔者认为，也未必如此。我们还是应遵循有是证用是方的原则，有郁热则用连翘，没有此象也可不用。