通常认为，小柴胡汤治疗寒热往来而咳嗽者。
近代医家唐容川著《血证论》，称和法为“血证之第一良法”，在血证的治疗中广用小柴胡汤。
《血证论·咳嗽》：“《内经》云：五脏六腑皆有咳嗽，而无不聚于胃关于肺，上条分肺胃治已详。兹有一方，可以统治肺胃者，则莫如小柴胡汤。肺火盛加麦冬；心火盛加黄连、当归；肝火盛加当归、胡黄连；黄昏咳嗽为火浮于肺，加五倍子、五味子以敛之；五更咳嗽，为食积之火，至寅时流入肺经，加莱菔子；痰凝气滞者，加瓜蒌霜、旋覆花、杏仁、桔梗、射干、川贝母；水饮上冲者，加葶苈子、桑白皮、细辛、五味子；有寒加干姜、云茯苓；若兼外感，发热恶寒，鼻塞头痛而咳嗽者，宜小柴胡汤加荆芥、紫苏、杏仁、薄荷。盖小柴胡能通水津，散郁火，升清降浊，左宜右有，加减合法，则曲尽其妙。”
本段论述是基于“虚劳失血之咳嗽”，着眼于通水津、散郁火、升清降浊，可谓深识小柴胡汤者。
那么，由于水津不布、夹有郁火所致之咳嗽，就可以考虑用小柴胡汤加减治疗。倘若没有明显正虚，小柴胡汤中温补之品可少用或不用。
清代医家陈修园在《医学实在易》中指出：“余临证以来，每见咳嗽百药不效者，迸去杂书之条绪纷繁，而觅出一条生路，止于《伤寒论》得之治法。《伤寒论》云：‘上焦得通，津液得下，胃气因和’三句，是金针之度……《伤寒论》小柴胡汤谓：‘咳者去人参、生姜，加干姜、五味子。’此为伤寒言，而不尽为伤寒言也。余取‘上焦得通’三句，借治劳伤咳嗽，往往获效。”