临床上有一些胃食管反流的患者伴有抑郁症，合并率可达10％左右，这类患者在治疗中必须兼顾抗抑郁治疗，因而需要使用抗抑郁药。应当注意的是，在抗抑郁药的选择时务必要虑及抗抑郁药物对胃食管反流的影响，防止使用不当引起反流症状加重。
研究表明，某些抗抑郁药可使得下食管括约肌压力下降，同时延迟胃排空，抑制食管蠕动及唾液分泌，这些都有可能导致反流症状加重。所以，当胃食管反流患者服用这些抗抑郁药时，反而会使反流症状加重，当然，并非所有抗抑郁药都会引起反流症状加重的，这与抗抑郁药是否具有抗胆碱作用有关，凡是具有这一作用的抗抑郁药会使反流症状加重，反之则不会加重反流症状。
目前常用的抗抑郁药包括三环类、四环类和选择性5—羟色胺再摄取抑制剂，其中以三环类药物的抗胆碱作用最强，而选择性5—羟色胺再摄取抑制剂则无这一作用。所以，胃食管反流患者需要服用抗抑郁药时，应避免使用三环类抗抑郁药如阿米替林、多虑平、丙咪嗪和氯丙咪嗪等，而应使用选择性5—羟色胺再摄取抑制剂如帕乐西汀氟西汀、舍曲林等。四环类抗抑郁药如麦普替林也具有一定的抗胆碱作用，尽管较三环类抗抑郁药为轻，同样需要谨慎使用。