历史上各朝各代御医职责分工也各不相同，从最初的医巫共侍皇上，到后来的太医院，为皇宫贵族提供医疗服务的人们已经形成了一个庞大的组织，跟我们今天的一个综合医院差不多。
御医职掌主要八项：侍直、进御、扈从、奉差、储药、祭先医、诊视狱囚、施药等。其侍直，各以专科，分班轮值，在宫中称宫直，在外廷称六直。宫直在御药房及各宫外班房值班，六直在外直房（如畅春园、圆明园）值班。扈从，皇帝出巡，御医或奉旨点用，或按班轮值，都给夫马、车辆装载药材，还给账房需用等物。此外，王府、公主府、文武大臣等，太医奉旨前往。还给监狱囚犯、瘟疫患者等治病。所以，御医不一定都能给皇帝看病，给皇帝看病的不一定都是御医。有时候皇帝还会请民间的医生来宫内看病。
在御医中还有不是太医院的御医。他们有的已经是朝中官员，有的是在民间行医，由于他们出色的医术被世人传颂，皇室因此经常会请他们给自己治病，他们是皇帝钦点的御医，通常这群“钦点御医”治愈的都是疑难杂症，治疗的手段都非同一般，其中许多医案都成了后人传颂的佳话。
那么，御医是如何治病的呢？
《明史·职官志》记载，给皇帝看病有“六要”：一要组成班子，院使、御医和内臣三方共责，相互监督;二要会诊，共同诊断;三要共同选药，联名封记药剂。四要共同监视煎药。五要共同尝药，就是每二剂合为一，煎熟，分作二器，一份御医、内臣先尝，一份进御。清朝比明朝尝药更为严格：一器由御医、院判、内监依次尝药；另一器进御。六要脉案方剂存档备查。这些措施大都是为了保证用药安全，万无一失，并防范御医受人指使去谋杀皇帝。(李荣兰 许圣义）