黑龙江省中医药科学院的前身是成立于1957年的黑龙江省祖国医药研究所，现已发展成为黑龙江省规模最大的集医疗、科研和研究生教育于一体的综合性中医药机构，先后荣获“全省小康建设先进集体”和“全国卫生系统先进集体”的荣誉称号。
该院占地面积5万平方米，建筑面积8.5万平方米，分3个院区，现有医疗床位1398张,人员1600多人，具有正、副高级职称专家255人，其中享受省政府和国务院特殊津贴专家33人，全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师等26人，并拥有国医大师张琪教授，世界针灸非物质文化遗产传承人张缙教授，全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师郭文勤教授、吴秉纯教授、王铁良教授、张佩青教授等著名专家和一大批优秀的中医药人才。
该院现有国家临床重点专科4个，国家中医药重点学科和重点专科16个，国家中医重点研究室1个，国家中医药科研三级实验室5个，省政府重点学科领军人才梯队8个。同时该院下设中药、中医临床、针灸、中西医结合、中医基础理论等5个研究所，国家中药剂型改革基地和《中国中医药科技》杂志社设在该院。该院拥有中医学、中西医结合、中药学3个硕士一级学科学位授予权，拥有硕士研究生导师55名，博士研究生导师6名，已毕业人员455人，现在院研究生205名。1999年该院被人事部批准为博士后科研工作站。
建院以来共取得科研成果266项，获得部省级以上科技奖励92项，研制出中药新产品43个投放市场，其中包括“刺五加”、“满山红”、“双黄连粉针剂”等具有里程碑意义的名牌产品和“宁神灵”、“骨筋丹”、“丹王颗粒”、“葛根芩连微丸”、“芩百清肺浓缩丸” 等具有自主知识产权的中药新产品。 2010年该院被黑龙江省委、省政府评为推进“八大经济区”和“十大工程”建设先进单位。