1980年，卫生部在全国中医和中西医结合工作会议上对新时期国家振兴中医药提出指导性意见，指出“中医中药要逐步实现现代化”。1996年，国务院明确提出“要正确处理继承与创新的关系，既要认真继承中医药的特色和优势，又要勇于创新，积极利用现代科学技术促进中医药理论和实践的发展，实现中医药现代化，更好地保护和增进人民的身体健康。”
中医药现代化战略从提出到实施，都与国家的重视和支持密切相关。1992年，国家自然科学基金开始较大幅度地资助中医药研究。此后，科技部在重大攻关计划中都设有中医药项目，并不断加大经费的投入。如2000年，“现代中药产业化专项”被列为国家“十五”高技术产业发展规划重大专项之一，3年内累计投入资金达7.5亿多元。不仅如此，科技部以第一个“973”项目“方剂的关键科学问题研究”为起点，随后注意到中医药理论的独特价值，从2005年开始设立中医理论基础研究专项，以加强中医理论基础的现代研究。
在中医药现代化进程中，现代科学技术的引入，使中医药科研无论是研究思路、研究方法（或技术手段）还是研究成果，都发生了巨大的变化。中医基础理论方面，从精气、阴阳、五行一直到藏象、经络、体质等诸多研究领域，几乎无一不表现出现代科技的特征。中医诊断方面，以证的本质研究与诊法（舌诊和脉诊为主）客观化研究为重点，前者的特点为充分发挥现代科技的优势，通过各种实验研究来寻找证的客观指标，以求揭示证的本质；后者的特点是以各种高、精、尖的现代科技手段为依托，大量采用现代科学的研究方式以及仪器设备。中药方面，主要以现代生物、化学等为基础开展中药基础研究和中药产业化研究。前者包括中药药效物质基础、中药药性理论、中药方剂配伍规律、中药资源及中药质量标准等，后者是在中医药基础理论指导下，致力于中药生产工艺改革乃至新药开发等。针灸方面，临床研究重在挖掘针灸临床的适宜病症，结合现代临床疾病拓展传统针灸疗法。针灸的科研重心，经历了从针刺镇痛研究（针刺麻醉等）到针灸基础理论研究的转变，研究团队已经扩展到世界各国。中医药现代化研究产生了一系列创新成果，如“血瘀证与活血化瘀研究”获得2004年度国家科学技术进步一等奖。
现代化是中医药在新时期发展的重要特征，其显著特点是在中医药科研中充分借鉴现代科学的研究理念与研究方法，因而其研究成果也充满了现代科技的特征。一方面，这些研究不仅拓宽了现代社会对于传统中医药的认识视角及评价方式，而且也对中医药的生存与发展具有重要的现实意义。另一方面，如果过度地不适宜地强调“现代化”，也会带来诸如中医学基础理论被西化、弱化、边缘化等问题，因此需要反思并破解现代研究过程中忽视中医学自身理论规律的困局。如中医药标准化既是中医药现代化的重要内容，也是中医药走向世界的重要引领；但同时也要时刻注意避免以标准固化中医学的圆机活法，影响辨证论治特色的发挥。
应当指出，中医药现代化研究应以推动中医学发展为出发点和落脚点。有关研究都有必要适时地总结经验教训，及时地调整研究设计，使之回归到中医药本原。只有始终坚持以中医学特色理论为指导，遵循中医学自身的发展规律，才能够充分挖掘中医学的原创思维精髓和临床诊疗价值。