中医认为，西瓜子性平，味甘。具有清肺润肠，和中止渴，化痰涤垢等功效，常用于吐血，久咳，便秘等症的治疗。
西瓜子含有丰富的脂肪，蛋白质，碳水化合物。另外还含有膳食纤维，维生素B族，维生素E，烟酸，尿素酶，皂苷以及矿物质钙、铁、磷、钾、钠、锌、硒等。西瓜子含有丰富的不饱和脂肪酸，其主要成分为亚油酸，而亚油酸又是人体必需脂肪酸，它可以降低血液中的胆固醇，预防动脉粥样硬化的发生。
另外，亚油酸还可以转化成“脑黄金”(即DHA)，能促使胎儿大脑的发育。西瓜子中还含有一种皂苷样成分，能缓解急性膀胱炎尿频、尿急、尿痛等症状。