穴位效应规律未明确
较之古代针灸，当代针灸临床变化最大的是刺法——从直刺到透刺、从浅刺到深刺的改变带来了穴位概念潜移默化的变化：今天的一个穴可以包含古代多个穴。例如足阳明经“下关”穴，在传统针灸学中主治牙齿、面部、耳部病症；而在神经阻滞疗法中，此处同时是阻滞下颌神经干、上颌神经干或翼腭神经节阻滞的体表穿刺点，进针点虽然相同，但针刺的角度、方向和深度不同，通过不同的神经干或神经节而治疗上下牙齿、鼻部等不同部位的病痛。
可见，针刺方向、角度和深度的不同，在很大程度上左右着腧穴的主治范围。与神经阻滞不同的是，针灸临床往往将这些相同的进针点下的不同刺法都视为同一个穴，又没有像神经阻滞疗法那样，为同一穴对不同部位治疗作用所要求的特定刺法(方向、角度、深度等)建立严格的技术操作规范和科学的描述。因而在针灸穴位特异性的临床设计中，很难对这一影响穴位作用特异性的关键因素给出明确而科学的表述，这也是造成近几十年来国内外在这一领域的实验研究结果难以重复的根本原因。
一个针灸大家往往穷其一生也只是对有限几个穴，不同作用部位的操作技法规律有深刻的理解与熟练应用。例如足太阳膀胱经秩边穴，针刺不同方向可治疗下肢瘫痪、脱肛、妇科等诸多疾病。但由于医生自身知识结构的限制，对于秩边穴主治不同部位病症所要求的具体操作步骤，不能用科学的语言表达，这使他人难以重复。
如果研究秩边穴的主治特异性，不清楚其在不同的操作条件下产生的针对不同部位的多种治疗作用，不建立产生特定部位效应所要求的操作规范的科学描述，要形成合理的秩边穴主治特异性的实验设计，并得出正确的实验结果，是不可能的。
针灸穴位特异性研究的复杂性在于：第一，对于一部分穴位而言，有多种针刺层次、针刺方向、针刺感应，有时一个极细微的针刺角度和深度的调整，针感的方向及到达的部位不同，产生的作用及作用的部位也不同。
因此，穴位特异性的实验研究，必须首先解决：究竟哪些穴位可以产生多种针对不同部位的效应，以及针对这些不同作用部位所要求的针刺操作规范，并用科学的语言加以描述，以便不同的人都能重复，只有这样对穴位作用特异性的研究结果才具有可比性，才能形成共识。
第二，针刺不仅仅是针刺穴位所产生的直接治疗作用，同时不同的针刺方法对肌体产生不同程度的损伤，损伤后产生的坏死组织(如瘀血、坏死肌肉组织)也可以起到类似埋线的连带后续作用，而这一作用往往被研究者忽视。
第三，穴位在不同的针刺强度下，表现出不同的效应形式：针对特定部位的效应，即“穴位作用的特异性”，以及针对多个部位的效应，即“穴位作用的广泛性”。近年发表在国外著名学术刊物上有关痛证针刺穴位特异性的实验研究报道，可见到相反的结论。
问题出在所选穴位的部位上：如果观察组与对照组的针刺穴位都在疼痛的局部或邻近部位，那么观察组的深刺与对照组的浅刺就不表现疗效的差异；如果在远隔部位选穴，这时疗效主要取决于刺激强度，这样采用强刺激的观察组的疗效自然明显优于采用浅刺弱刺的对照组。
对疾病的认识不全面
痛证是针灸临床研究中时间最长、发掘的治疗新方法和新穴位最多的病症。然而即便是对这一研究基础最好的病证，我们也没能及时总结、掌握其诊疗规律。
笔者通过对近50年来针灸临床文献的系统分析发现了这样的规律：在需要较大刺激强度与较长刺激时间的针刺麻醉以及痛证(特别是急性痛)的治疗，穴位作用的特异性就不明显，而更多地表现为针刺强度与针刺深浅的影响作用。对于针刺麻醉而言，其镇痛作用主要取决于刺激强度、刺激时间、针刺深度；而对急性痛而言，其刺法则要求沿皮浅刺(皮内或皮下)、针尖朝向痛处，并特别要求针刺过程中配合痛处的活动。可见。穴位作用的特异性在不同的病症中扮演不同的角色。
以往虽然对于痛证的临床研究很多，但多局限于一个个具体疼痛性疾病的研究，很少自觉地研究整个痛证诊疗的总规律。由于没有掌握穴位作用的特异性与非特异性规律，以及穴位特异性在不同病症治疗中的表现形式的规律，在临床研究上采用了不合理的对照设计，因而得出了片面的结论。
现代医学有局限
首先，当代对于针刺效应的机制仍主要用神经的结构与功能来解释，对于组成这些神经束的每条纤维的形态与功能的认识还有太多的空白，还难以对针灸临床极其丰富的针刺操作所产生的不同的复杂针感以及与之相对应的效应加以说明；
第二，对于疼痛性病症，为什么皮内、皮下平刺效果好?为什么针尖的方向性对于最终的疗效很重要?这些针灸临床现象用现有的医学知识还难以解释，而这也正是针灸的魅力与价值所在；
第三，在运动皮层刺激(MCS)疗法发明之前，现代医学对于疼痛的调节只从感觉传人考虑，直到有一天现代医学意外地发现刺激脑运动皮质(而不是感觉皮质)治疗顽固性疼痛的效果最好，这时，人们似乎才理解了中国针灸临床上采用“运动针法”治疗痛证的实践经验的意义，因而这一具有坚实实践基础的治疗痛证的特效针法在很长时间内没能成为广大针灸医生自觉遵守的规范，同时在针灸临床实验研究设计上也没给予足够的重视，从而直接导致了片面的结论。