对传统中医学理论内涵的还原和理解，应结合具体的社会文化背景，医文相合，方能有更为贴切和全面的把握。今从医文相合出发探讨中医学“肾主水”内涵的形成与发展过程。
肾主水的初始内涵
“肾主水”是肾脏的一个重要功能。在《黄帝内经》中对于“肾主水”的论述多放置于讨论脏腑五行归属的大语境中，例如，《素问·金匮真言论》云：“北方黑色，入通于肾，开窍于二阴，藏精于肾，故病在膝。其味咸，其类水，其畜彘，其谷豆，其应四时，上为辰星。是以知病之在骨也。其音羽，其数六，其臭腐。”这表明《黄帝内经》中“肾主水”理论的形成，或者说“肾主水”理论最终所被赋予的核心内涵，主要源于五行数术的比附和概括。
《素问·上古天真论》中对“肾主水”的一段表述，却带给我们启示和思考。其文曰：“肾者主水，受五脏六腑之精而藏之，故五脏盛，乃能泻。今五脏皆衰，筋骨解堕，天癸尽矣，故发鬓白，身体重，行步不正，而无子耳。”肾受藏五脏之精气，若五脏精气充盈，则肾有所禀受，肾精方能泻于外，阴阳和合而使人“有子”。若五脏精气亏虚，肾无所受藏，肾精耗竭则“无子”。而这一切得以发生的原因和机制，在于“肾者主水”。或者说，“肾者主水”是对男女交合过程中肾精促使生命繁衍的概括和总结。相比于以阴阳五行为代表的成熟数术思想来归纳和阐释“肾主水”的内涵，“肾主水”的这种内涵是更为早期和原始的内涵。是“肾主水”以数术为标准所确立起来的最终内涵的原始形态和基础。这种内涵得以形成的原因主要包括两个方面：首先，在先民还没有充分了解男女两性交合以繁衍生命的机制时，只能依据水崇拜的原始思维模式，根据人与大自然的相似律，把人类生命之繁衍归于水之作用。同时，男女两性交媾达到性兴奋时彼此由前阴所分泌的液体在形状上与水相类，受水崇拜思维模式的影响，也很容易把它赋予一定的生殖内涵。其次，房中术学不但认识到了男女两性交合孕育生命的机制，而且把生殖之精归于丹田所固摄。而后，中医学受方技社会思潮的影响逐步把生殖的功能由丹田归于肾，同时，原始的水崇拜也逐渐褪去了其原始的古朴风貌，形成了传统文化中“水为万物之本原”、“水几于道”等经典理论。肾统摄生殖之精，生殖之精其内涵又与理论化的“水”相一致。当这两种认识结合在一起时，就形成了肾主水的原始内涵。可以说，肾主水的初始内涵实际上是对肾精主生殖的另一种表达。
类似的观点在后世医家的论述中还有隐约的体现和反映，例如，《养生类纂》引《集仙传》云：“肾者能生元阳，为真气；其泄为精，是为北方壬癸之水，水为命，命系于阴也，此之谓性命焉。”肾“其泄为精”，具有生殖功能，而此精同时又为“水”，可见精水相类。《明医杂著》云：“小儿无补肾法，盖禀父精而生，此天一生水，化生之源，肾之根也。”小儿禀“父精”而生，是强调此“精”之生殖功能，同时“父精”为天一之“水”，精与水相类。又，明代万全《万氏家传养生四要》云：“精者五脏之真精也。经云：肾者主受五脏六腑之精而藏之，故五脏盛乃能泻，谓之天癸者，天一所生之水也。”天癸为男女两性性成熟时所分泌的一种能够促进生殖机能的物质，而其为天一所生之“水”，可见精水因生殖而相类。另，清代唐宗海《血证论》云：“肾又为先天，主藏精气，女子主天癸，男子主精，水足则精血多，水虚则精血竭。”肾所藏精气，女子主天癸，男子主精，都是在强调肾之精气的生殖功能，同时，唐氏又论“水足则精血多，水虚则精血竭”，很明显此精水互换的论述是基于两者在生殖上的类似性。直至近代，俞正燮在《癸巳类稿》“书《人身图说》后”一文中云：“古经言精路不由胃与膀胱，不为不净。精循督脉而下，故谓之精。而此书言要肾积质具、积溺，则佛书以出精为出不净，自是西土凛赋不同，亦不足怪？”俞氏通过早期西医著作《人身图说》考察了中西医学对肾脏论述的差异，认为中医传统理论中所言肾所藏之精由脑随脊而下，胃与膀胱是津液代谢之通路，亦即生成尿液之代谢过程中的主要脏器，因此俞氏所谓“精路不由胃与膀胱，不为不净”，就是强调由脑随脊而下之精不能与尿液同归肾所藏。西医理论中肾脏既能积“质具”（生殖之精），又能积“溺”（尿液），与中医理论中对肾脏的阐发是不同的。言外之意，中国古代医家所言“肾主水”之“水”，并非是“溺”（尿液），而是与精相类之“水”，亦即俞氏所言“循督脉而下”之精的另一种表达。
肾主水内涵的扩大
在《黄帝内经》中我们可以看到，肾脏在以阴阳五行为代表的数术思想中被逐步赋予为阴中之“至阴”、在五行“属水”等特性。例如，《素问·水热穴论》云：“黄帝问曰：少阴何以主肾，肾何以主水？岐伯对曰：肾者至阴也，至阴者盛水也。”“帝曰：诸水皆生于肾乎？岐伯曰：肾者牝藏也，地气上者属于肾，而生水液也，故曰至阴。”而且，随着“水”在传统文化中被逐步赋予了类似于“道”的本原内涵，与“水”相关之事物亦因此而被赋予了更为抽象的、广泛的内涵，“肾主水”之内涵也因而有了更大的拓展空间。所以，肾所主之“水”的内涵亦突破了水与生殖的关系，而具有了更多抽象意义。肾主水的内涵逐渐扩大，几乎一切与水形态相似或性质相类的事物都为肾所统。
例如，《素问·逆调论》云：“夫不得卧，卧则喘者，是水气之客也。夫水者，循津液而流也，肾者水脏主津液，主卧与喘也。”肾主水，故一切津液属肾所主，与津液代谢失常密切有关的疾病，如津液停聚所致之喘不得卧诸证，亦为肾所主。《素问·方盛衰论》云：“肾气虚，则使人梦见舟船溺人，得其时则梦伏水中，若有畏恐。”之所以肾气虚会梦到“舟船溺人”、“伏水中”等与水相关的梦境，很明显是源于肾主水而作的推论，这也从一个侧面说明，肾所主之水内涵的抽象和丰富。又，汉·刘熙《释名·释形体》有云：“肾，引也，肾属水，主引水气灌注诸脉也。”后世医书多有引用此说者，如《难经集注》、《万病回春》等。从文字学的角度说明了古人对肾主水内涵的认识，肾属水而引水气灌注诸脉，此“水”之内涵与脉中之血与津液相类。再如，《万氏家传痘疹心法》“肾主痘中之水论”有云：“肾主液，五液之变，在乎水也。此一脏之中，统体一五行也。既曰肝为水泡，以泪出如水，泪则肾之液也；肺为脓泡，以涕出稠浊，涕则肾之液也；心为斑，以血色赤而小，血则肾之液也（在内为血，在外为汗）。夫五脏之液，皆本于肾如此。”痘中之水亦类于“水”，亦属肾所主。
由以上论述，可以明确，肾主水之内涵，并不等同于肾主尿液。《诸病源候论》有云：“膀胱与肾为表里，俱主水。水入小肠，下于胞，行于阴为溲便也。肾气通于阴，阴，水液下流之道也。”依据传统经典中医理论，水液由小肠经下焦直接渗入膀胱里面的胞中，后由前阴而泄方能称之为小便，可见，这个过程与肾之关联性并不大。所谓肾主水内涵的体现，并不是为了说明津液由肾而入膀胱，而是为了说明“肾气通于阴，阴，水液下流之道也”。因此，我们可以说，在传统中医理论体系中，尿液作为津液代谢的一种产物，其性状与水相类，可以归于肾所统摄。但是，并不能说肾主水之内涵就是肾主尿液。把肾主水的内涵局限于肾与尿液之间的关系，实际上是近现代中医基础理论范式以西医理论为框架来筛选、架构和诠释传统中医文献时的一种比附和误读。