从学习中医的角度看，元气论作为哲学背景，其凸显在知识层面的内容虽然没有阴阳、五行学说明显，但作为中国文化的最深层底蕴，若对之理解未透，不但大大影响对中医体系内容的深度把握，更易在中医学发展的路上迷失。
两论的比较
纯粹就“气”论“气”，以现代人不太深厚的国学功底，确实难以理解得透彻，幸好关于世界的本原，古代西方也有一个与“元气论”接近对等的学说，就是公元前4~5世纪间，留基伯和他的学生德谟克利特主张的“原子论”。这里，“元”与“原”同义，“气”与“子”则可看作是对万物基元单位的各自表述，这是在唯物本体论上两论所见略同处，但更值得品味的是两论深层之异。由于中医学以元气论为根，西医学以原子论为基，比较元气论与原子论就是审视铸就东西两大文化体系差异的文化基因，因此这种剖析最容易把中西医学体系的深层内蕴，诸如不同的价值取向、思维风格、学术思想、研究方式乃至具体内容以较清晰的方式呈现出来。（两论的简要比较见表右）
为方便分析与叙述，下文将表中关联性较大者以某项为中心作连带讨论，不逐项分割：
（1）宇宙本原之鉴
中国的“道气论”视“元气”为宇宙本原。《鹖冠子·泰录》谓：“天地成于元气，万物成于天地。”西方则以“原子”为构成宇宙万物的基元物质。著名哲学家张岱年先生将两种本原之细微处表达得妙趣横生：“西洋哲学中之原子论，谓一切气皆微小固体而成；中国哲学中元气论，则谓一切固体是气之凝结，亦可谓适成一种对照。”表面看来，两论均肯定了世界本原的物质性，所异仅因不同的文化背景与语言习惯分别归结为“元气”和“原子”，虽异曲却似同功。但若细究，两说又存深刻差异。
（2）存在形式之异
元气的本原状态是无形而弥散状态之气，王夫之谓：“气弥沦无涯而希微不形。”（《正蒙注·太和》）但气聚则可成形，即有形实体是气，无形虚处也是气，有无之间可转换交流。张载《正蒙·太和》概括得好：“太虚无形，气之本体，其聚其散，变化之客形尔。” 由于阴阳学说的导入，阴阳特性之一是其无限可分性，因气可分阴阳，据此逻辑，则气也是无限可分。换言之，在中国的宇宙构成观中不一定存在最终物质。事实上，现代科学直到现在也只能说发现一些基本粒子，尚不敢确定说这个世界存在着最终物质。气的无限可分性大大地增加了气的变数以及说理上与时俱进的优点。就如不论现代科学最微观的物质单位发展到哪个层次，都可说未离气的范畴，还预留了再进一步细化的空间。
原子论认为世界的本原是原子和虚空。原子的存在形式是有形。“原子”，希腊文原义有“不可分割”之义，指的是最后的不可分的物质微粒或单位。据此，世界万物都是由微细而不可分，具形质、重量的原子所构成。由于每个原子都是毫无空隙的，因此，它的基本属性是“充实性”。与之相对的虚空的性质是空旷，是绝对的无，仅给原子活动提供空间。原子与虚空之间不存在转换与交流。
（3）作用形式之较
由于元气可以分阴阳，因此，其作用形式或内部动力就是处在相互交感中的阴阳对立制约、互根互用、消长转化、自和协调的内部矛盾。
运动是原子固有的属性，虚空为原子的运动提供了场所。形状、体积和序列不同的原子互相结合，就产生了各种不同的复合物。原子分离，物体便烟灭。但原子为什么自己能运动，德谟克利特却没能作出解释，因此，原子虽在观念上具自动之意，形式上却又不得不倾向于在外部寻找动力之源。
（4）自然观之差
由于气本无形，气细无内，大无外，亦无间隙，故无所不通。《管子·心术上》说：“无形则无所抵牾，无所抵牾，故遍流万物而不变。”有形无形之间可转换交流，故乍看互不相干的万物可通过“气”的中介而成为互有联系的整体。这样，就构成了一幅形在气中、气在形中、形气交融的宇宙气化全图景，由此导出的就是万事万物一气相牵的有机联系自然观。
原子有形，既然万物均是由分散存在的“原子”组合而成的，原子与虚空之间又不存在转换与交流，因此万物均可分解，可以把整体分解为部分，再据需要把部分一层层分解为更小的部分，直到原子本身。由此导出万物可以或应该分割来看的机械自然观。
（5）整体观之别
由于中医学强调整体观念。因此，不少人以为整体观是中医特有并区别于其他医学的主要特征。
“元气论”的整体是一个“元整体”，即认为以元气为基的宇宙是一个混元整体，万物均由元气分化而来，即混元整体分化出其内部不可分割、相互联系的各个部分。就如宇宙逐级分化出星系→星球→地球→万物→生物→人→系统→脏腑组织→精血津液→气。其形式可为气化气、气化形、形化气、形化形，一切事物都处在气化流衍之中。在这里，整体是原生的，部分则派生于整体，故而整体决定着其内部的各部分，形成一个真正融会贯通的宇宙整体。
更基于气的运动性，元整体是一直处在不断的变动过程中。在这个整体中，任何一个局部有形、无形的微细变化，都可因一气相牵而会引起整体的相关反应，这个整体的本质或基础就是气的变化流衍，因此，元整体具有不可分割性。整体若作分解，失去联系的各部分均不具完整性。只有在天然的，不可分割的状态下才可准确把握事物的完整本质，避免以偏概全的一孔之见。
“原子论”的整体是一个“合整体”。原子是构成宇宙的最终物质，万物均由原子组成，原子→物质→小局部→大局部→整体就是其组合过程。因此，整体是由从小到大的各个部分综合而成。部分是原生的，整体派生于部分，虽然部分可受整体背景影响，但作为边界清晰的部分亦可离开整体而单独存在。在方法学上就是部分可以分割研究。既然部分综合成了整体，因此部分决定整体就言之成理了。
中医研究方式之思
元气论与原子论之辨实可引发对现代中医科研方法的反思。
（1）研究对象与研究方式之适
由于气本无形，又无限可分，是以研究气之“形态”在逻辑上来说应是徒劳无功的，故“元气论”容易导向对形态研究和解剖分析的淡漠。又因气以不断运动，有形与无形又可交流潜通而具可入性，形与形、形与气、气与气间没有任何隔阂，整体以难以分割的不间断状态存在，万事万物由不同的气聚散而成，更可因气而建立联系，一切事物都处在气的流衍及气化氤氲之中，形成一个真正融会贯通的宇宙元整体。因此，其注重的重心是关系实在而非物质实体，观察视野偏于宏观，研究方法更关注联系性及协调性，任何一个局部都是整体中的局部，牵一发而动全身，故往往将部分联系成整体或置于整体中观察。中医理论体系由是有了整体、动态、联系、协调等特征。而任何破坏或妨碍这些特征的研究方法均难窥其全貌应属常识。
由于万物均由有形的“原子”组合而成，“原子”是最终物质，部分决定整体。且原子与虚空不存交流，万物均可分解，理论上只要技术跟得上，若将研究对象一层一层地降解，应可还原到“原子”水平，最终物质的找到就意味着事物或现象的终极原因将会呈现。将此基本信念贯彻到科研中，就是把整体分拆为部分来观察，以部分来解释或组合整体，其注重的重心是物质实体而非关系实在，研究方法更关注于纵向深入，微观分析。在这种不断降解、深化的探微寻源过程中各自然学科得以延伸进步。这种方法在面对“形态科学”这种合适对象的研究上自有其优势，如对整体中的部分有着比“元气论”方法更深入、细致、微观的认识，形成较精确、严谨的原理，建立形式逻辑更严密的概念体系。不难看出，还原论思维或还原分析方法的哲学基础就是原子论。在此观念下，西医学采用解剖方法，将人逐层分解以还原、分析，自是研究的必然途径。
（2）“研究中医”与“中医研究”
本来“两论”下的对象各有其自身适合的研究方式，但现今流行的大多所谓新法，多半是建立在“原子论”奠基的“形态科学”上的还原分析方法。以之研究中医，不能说全无借鉴处，但面对以“元气论”为基的中医学术，其隔阂本应可想而知。但不少研究者对此所取的态度往往是视而不见。或天真地以为，只要仪器够尖端，指标够先进，一切问题都将迎刃而解。但是，作为支配研究方式、研究仪器、研究指标的方法论真的可以搁置不论吗？
国医大师陆广莘在访谈中提出过“中医研究”和“研究中医”是两种不同的概念。目前时行的中医相关研究，由于心态上唯恐“不科学”，因此，无论在方法学、还是应用仪器或检测指标上多是拼命地追新，以为越新就越科学。若以陆老的分类观点为判，此大抵为“研究中医”，而非“中医研究”。
这种与“元气论”恰成背道而驰的研究方法之局限性也显而易见。把复杂的事物通过还原、降解使之简单化是此法的基本方式，但面对不应分解、不可还原的对象和内容，譬如“元整体”背景下的中医学时，勉强分解实是对整体联系的破坏。复杂现象的复杂性机制是无法简而化之的。须知，“整体大于部分之和”无论在哲学上，还是在自然科学上都是一个常理。整体不是由其中多个部分简单堆砌而成，而是各部分有效组合的一个整体，所以有机协调的系统整体大于部分的总和，无论这个整体是合整体还是元整体。即便是研究合整体背景下的西医学，还原分析方法其实也时显力不从心，局部分解得越精细，越微观，其在整体中的关系就越复杂，而处理复杂关系并非此法之所长。
中医学天人间、人体内层层错综复杂的关系网特性比“形态科学”之西医复杂。中国科学院朱清时院士对这个问题看得透彻：“以中医为代表的传统科学总是把复杂事物看作整体来研究，他们认为，若把事件简化成最基本的单元，就要把许多重要信息都去除掉，如单元之间的连接与组合方式等等，这样做就把复杂事物变样了。”因此，以还原分析方法来肢解“元整体”的对象，企求在还原出对象的真象同时而又不使信息丢失的想法不知算不算一种天真？天真，做人或者可以，但从事科学研究，恰恰是最不需要的品格。
某日看锵锵三人行节目，嘉宾为陈丹青先生与查建英女士，话题涉及西装本非按东方人的身材来设计，但由于集体心理暗示，当大家都穿西装时，穿西装就成了美，这是一种从众心理，是自主审美系统丧失的表现。即现在的国人已失去自信，失去以自己的眼睛看自己的能力。这就引出一问：由于还原论方法在近现代科学中不断取得成绩时，人们下意识地将之当作唯一的科学标准或潜在的标准是否也是一种从众心理或集体心理暗示？是否同样也属失去以自己的眼睛看自己的能力？
学术界在引进西方科学的同时，首先淡忘了科学还包括人文社会科学。中医具有人文社会科学与自然科学的双重特性是人所共知的事实。其次即便是自然科学本身也至少包括还原科学和系统科学。业界已开始正视诸如系统论、信息论、控制论、耗散结构论、突变论、泛系方法论、运筹学、协同学、模糊数学、混沌理论、紊乱学、模糊逻辑学等系统科学在处理复杂系统时的优势，其发展的新阶段——复杂性科学正在兴起，以弥补还原科学在处理复杂系统时的不足，而医学研究的人体正是典型的复杂系统。既然还原论思维不可能完全认识复杂世界的所有层面，因此，以之作为判断每一学科或思维方式是否科学的标准，其不合理性不就显而易见吗？
回看中医，若从还原论的角度看，中医的确存在不少“问题”，但若从“元气论”或复杂性科学的视野看，这些所谓的“问题”实际不一定是问题，大多仅是因视野、视角、文化表述或认知习惯的不同而被误解。如果结合西方科学划界标准从清晰走向模糊、从一元走向多元的倾向，而以历史的、多元格局的眼光看中医，则以“元整体”为背景的，道器合一的中医自然是现代主流科学之外的另一种科学形态，一门以古贯今的复杂性科学。
朱清时院士对复杂性科学是如此认识的：“近一二十年人们理解到原来复杂性科学不能用还原论的方法，还得用中医这种宏观、整体的思维方法，还得经过反复实践、形成经验、经过直觉或顿悟上升到概念或理论，这些概念或理论再到实践中去验证或修改，然后实践证明他的正确性。这种思维方式是人类社会的一种基本思维方式，特别是对复杂性事物。”
《景景室医稿杂存》谓：“我中华用气化以医病，其道本法乎天气、地气之变迁，病气、药气之制伏。是药之所以能治病者，其原理本乎四时阴阳而来，乃贯彻天人一致之学。若离乎阴阳之气化，而言治病，视人如器物然，纵解剖极细，何能攸往咸宜哉？”本已掌握了道理还以为自己没理，似未明在中医学科，“气”之理才是真正可循、可道、可法、可验之根本理。它理、它术、它技或可参考、借鉴、辅助，但不应反客为主，更不能自失魂魄。
中医的长远发展，自然离不开与现代或未来科学的结合，但正确的方法与切入点很重要，在未找到适合研究人体复杂性的现代方法前，则研究方式或方法的选择，首要的不是“新”，而是合适。中医学有着自身的特点与发展内在动力，至少在目前，自主的、内源性的“中医研究”应成为中医继承与发展的主流。同时，中医是不是该考虑建立与自己的学科内涵相匹配的评价体系了？