炮制不当
中药炮制得当可以增强疗效，减低毒性，但炮制不当则易引起中毒。以朱砂为例，其加工时需要水飞，即不断加水研磨，才能得到红色细粉的正品，而现在采用机械加工，使用球磨机研磨后，所得细粉发黑，说明已有游离汞产生，故媒体上不断传来服用含朱砂的中成药有中毒反应报道。
剂量过大
有些中药含有有毒成分，如附子中含有乌头碱，小剂量使用具有治疗作用，剂量过大或使用不当就会引起中毒；有些中药不含有毒成分，但过量服用也会引起中毒，如过量服用肉桂就会引起血尿。
长期用药
很多中药服用时间过久，容易出现依赖性和蓄积中毒。如服用朱砂安神丸可以降血压、安神，但服用过久，可以造成慢性汞蓄积中毒。安宫牛黄丸、紫雪丹、至宝丹等中成药也含有朱砂，只应救急用，不可长期服。
煎煮不当
含有毒性的中药，如乌头，煎煮时强调久煎；可有些中药如山豆根却不宜久煎，煎煮时间越长，毒性越显著增加。
擅自混用
许多中药是不能混用的，否则会产生毒性或严重的不良反应，中药“十八反、十九畏”的配伍禁忌是有道理的，不可忽视，因此应严格遵医嘱用药。
个体差异
中医治病常因人、因地、因时而异。不同种族人群对药物的反应不同，同一种族人群也存在着个体差异。如服用藿香正气水，可引起胸闷、寒战、烦躁不安等症状即是个体差异。