在寄生虫学中应用免疫细胞化学方法，对于人体大多数寄生虫都较其他血清学方法敏感。图象鲜明，易于观察。在诊断方面，免疫荧光间接法最常用于检查宿主的抗体。抗原制备容易，只需要作成切片、涂片或压印片标本，不需提纯可溶性抗原；有些可溶性抗原固定于醋酸纤维滤纸上，反应后以荧光计读数，可以定量。
但是，对于血中缺乏抗体的寄生虫如皮肤利什曼病，则难以诊断。还有些寄生虫（如扁形蠕虫）抗原性的变化，则需制备多种抗原。丝虫等有较强的抗原交叉性，解释结果必须慎重。
（一）抗原
可用尾蚴成虫。
1．尾蚴抗原将每毫升300条左右的尾蚴悬液与等量20%福尔马林混合。作用5min后，用PBS洗涤离心2次，取尾蚴沉淀备用。在4℃保存。
2．成虫抗原 可将成虫制成切片，甲醇固定10min，低温保存备用。
（二）待检血清
可按常规静脉采血分离血清，也可自指尖或耳垂微量采血（约0.05ml），滴于优质滤纸上干燥，试验时用生理盐水浸取可溶性免疫球蛋白成分。干燥于滤纸上的血样，在室温中（22～26℃）或普通冰箱中保存3个月以上，可以邮寄。
（三）荧光抗体
可用抗人IgG或IgM荧光抗体，其特异性需经免疫电泳鉴定。
（四）检查方法
1．尾蚴染色法可将抗原沉淀以白金耳挑取涂片，干燥后以甲醇固定10min。然后按常规间接法染色。
2．成虫染色法同一般切片间接法。
据报道，此法敏感性可达80%～98%。
免疫荧光间接法用于研究人和实验动物对疟原虫感染的免疫反应，疟疾流行病学调查和临床诊断有很大的实用价值。
1．抗原标本人疟原虫标本制备：采用多种疟原虫混合抗原，制作涂片，甲醇或丙酮固定。要每个高位中视野含裂殖体总数约15个即可。或用易感猴的各种疟原虫感染的红细胞。
鸡疟原虫抗原标本制备：取感染疟原虫后第9～11天之间的鸡血制备血膜，贮于4℃或-20℃下，用前丙酮固定10min。
2．待检血清采血方法同血吸虫法。
3．荧光抗体常用抗人IgG荧光抗体。
4．检查方法待检血清以1：20起始稀释，按间接法染色，镜检。
5．结果判断阳性结果，人类疟原虫包涵体呈现明亮的黄绿色荧光。鸡疟原虫抗原主要显示胞浆染色。1：16或1：20稀释待检血清阳性时，可以继续稀释作滴度检查。低于1：20的结果无意义。用人类疟原虫多种混合抗原和单抗原，病人抗体染色效价可达1：65536，1：1024～1：4096者占1/3。以鸡疟原虫作抗原，效价最高1：640，以恶性疟最高为1：150，间日疟为1：40。
用间接免疫荧光方法检查阿米巴肝腔肿病人血清抗体，阳性率可达90%～100%。血清抗体滴度在1：80或1：160有诊断意义。治疗后抗体滴度下降。肠道阿米巴疾病阳性率较低（59%～91%）。
用间接免疫荧光方法检查各种锥虫病患者血清抗体，对于恰加斯氏病（克氏锥虫所致）的血清抗体诊断，有高度的敏感性和特异性。用于检查非洲锥虫病的阳性率为85.9%（WHO，1976）。冈比亚锥虫和罗德西亚锥虫所致非洲昏睡病的血清抗体诊断，在检测特异性抗体时，同种抗原比异种抗原好，可达到最高的敏感性。
应用丝虫成虫冰冻切片抗原作间接免疫荧光检查适用多种丝虫病免疫诊断。很有价值。如魏氏棘唇线虫抗体阳性率可达905。用作流行病学调查，可反映流行的准确情况。已用于盘尾丝虫、班氏丝虫、犬恶丝虫、广州管圆线虫等抗体的检测。
已证实免疫荧光间接法检查弓形虫抗体，是一种诊断弓形虫病的特异和敏感的方法，阳性率可达98%。用死虫体作抗原很简便，检查IgM抗体可诊断新生婴儿先天性感染。
用旋毛虫冰冻切片作抗原，间接免疫荧光方法检查病人血清抗体，很敏感、特异和经济，节 省时间。
已用间接免疫荧光方法对蛔虫病，弓蛔虫病，钩虫病，线虫病，吸虫病（肺吸虫和肝吸虫）、绦虫病（包括囊虫病和牛肉绦虫以及猪肉绦虫）等进行快速诊断，取得较好的结果。