肺主气，其变动为咳嗽者，肺证也。疮疹发热之初便有咳嗽者，肺为五脏之盖，疮疹之火挟君相二火之势上熏乎肺，肺叶焦举，故气逆而咳也。疮疹既出，其咳更增者，此喉咙有疮，淫淫如痒，习习如梗，故咳也。疮疹收后而咳者，此卫气虚弱，腠理疏开，风寒外袭，肺气逆而不收，故亦咳也。〔薛〕痘疹未出欲出之际，乃热毒上熏清道，肺气不宁，宜用惺惺散。若已出之后，则属元气虚弱，不能固卫腠理，风邪乘虚而袭，宜用五味异功散加桔梗、五味子以补脾肺。
《痘疹方》云∶痘疮未出之先咳嗽，升麻汤（初热）。头疼身热恶寒咳嗽，参苏饮（初热）。呕吐痰涎咳嗽，白术汤。时气头痛身热咳嗽，惺惺散（初热）。〔万〕如初发热咳嗽甚者，先以参苏饮发之，次以甘桔汤（咽喉）合泻白散（肺）加牛蒡子治之。
凡痘子出盛咳嗽者，此肺中有火，或咽喉有疮作痒也，只用甘桔汤加牛蒡子，多服良。如涎唾带血，此咽中疮或齿缝中出也，不须妄治。疮不起发，闷乱喘嗽，手足寒，饮冷者，木香散（泻。）嗽甚，别无他证，五味子汤。如疮光壮，收靥身热咳甚者，人参清膈散主之。如疮已靥咳嗽者，不问形寒饮冷所致，并宜人参清膈散主之。
若涕唾稠粘，鼻塞不利者，乃风邪伤肺也，亦惺惺散、参苏饮主之（俱初热）。
若痰盛烦躁，痘赤壮热饮冷者，乃脾肺实热也，人参清膈散主之，并饮芹菜汁。
若痰唾稠粘，大便黑色，乃胃经热毒也，用犀角汤（失血）并饮芹菜汁以解之。
病后余毒咳嗽者，升麻汤（初热）。感寒头痛，身热恶寒而嗽者，参苏饮。烦热而嗽者，生地黄散。风热咳嗽，咽膈不利，甘桔防风汤（咽喉）。兼喘，五味子汤。病后咳嗽胁疼者，盖胁居一身之左右，阴阳二气之所行也，余毒在中，二气不能升降，故胁痛，用赤茯苓汤、小柴胡汤（发热）加五味子、桔梗、枳壳等解去毒瓦斯，则真气行而所苦自平矣。
〔袁〕若痘交七八之期，而身发火热，恶嗽连声，鼻窍冲出鲜血，金虚则鸣，枭毒激荡于太阴之络故耳，以杏仁五钱、冬花五钱、门冬五钱、栝蒌仁五钱、与梨汁共煎为膏时取起，再加白蜜人乳，紧煎数沸，纳于瓷器内，每辰昏进两匙，其效神应。歌曰∶痘中恶嗽冲出血，要识金虚枭毒彻，冬花杏仁与麦门，梨汁栝蒌仁最切，熬膏投和白蜜中，量数斟加人乳捷，去火紧封瓷器内，晨昏进服嗽声歇。痘中患嗽，极为凶险，但有感冒风邪于肺络而嗽者，不在此犯论，易治易痊，若元虚气枭，甚宜调养，而男子时迈十七八岁，破阳损精，痘犯于此，贵宜按方法服治，斯免夭亡矣。
白术汤 治咳嗽呕吐，痰涎气喘通用。
白术（一钱半） 陈皮 白茯苓 五味子 半夏 杏仁（各一钱） 甘草（半钱）
水一盏半，生姜三片，煎六分，分二服。
五味子汤 喘促咳嗽通用。
上锉散。水一盏，煎六分，空肚温服。儿小者分二服。
人参清膈散
人参 柴胡 当归 芍药 知母 桑白皮 白术 黄 紫菀 地骨皮 茯苓甘草 桔梗（各一两） 黄芩（半两） 石膏 滑石（各一两半）
上为粗末。每服三钱，水一大盏，生姜三片，同煎至六分，去滓温服，不拘时，量儿大小加减服。
生地黄散 治小儿 疹，身热口干，咳嗽心烦等证。
生地黄（半两） 麦门冬（去心七钱） 杏仁 款冬花 陈皮（各三钱） 甘草（炙，二钱半）
上，每三五钱，水煎，徐徐服。儿大加之。若痰气痘热内作，宜用桔梗甘草防风汤，若痰上壅者，佐以抱龙丸。
赤茯苓汤
上，用水一小盏，苦竹叶七片，豆豉三十粒，煎五分，分为三服。看儿大小加减。
桔梗汤 治久嗽肺气伤，而吐痰有血，痰或腥秽，或咳吐脓血、肺痈等证。
桔梗（炒） 贝母（去心） 知母 桑白皮 枳壳（各一钱） 地骨皮 栝蒌仁 薏苡仁 杏仁（各五分） 当归 黄 （微炒） 防己（各一钱） 五味子 百合（炒。各一钱五分） 葶苈（炒，五分）
上，每服三五钱，水煎服。