中医认为手足口病属于温病中“温疫”范畴，一年四季均可发生，春末夏初为其主要流行季节。尽管全国各地高发季节不同，但都在本地区处于温润多雨多风的季节发生，手足口病的发病季节反映出其发病与热、湿有关。回顾分析手足口病早期症状，以发热，手、足、口腔等部位的皮疹或疱疹，可伴有咽红、流涕、咳嗽、纳差等，舌边尖红或舌红，舌苔薄白、或薄黄、或黄腻，脉浮数等温热挟湿疫毒侵袭肺卫症状为主。
因此，中医认为此病由温热挟湿疫毒引起，以温热为主，湿邪为次。此病多发于小儿，与小儿特殊的生理特点有关，小儿脏腑娇嫩，形气未充，易受邪侵；小儿脾胃虚弱，往往又饮食不节，致脾虚积滞难化，蕴积生湿生热。
小儿外感温热挟湿疫毒，脾胃内蕴湿热，内外相合，蕴蒸肺脾二经而发为此病，其病位在肺脾，危重者涉及心肝。典型的手足口病按卫、气、营、血规律传变，临床上手足口病多在气分而解，少数入营血，也有少数患者直接表现为疫毒入营血重证。