谨守病机、祛除病因、调畅气机是陈宝贵教授治疗胃脘痛的三个显著特点，他认为只有重建胃肠生理功能，患者方能诸症消失，且不易复发。
谨守病机
陈宝贵临床遣方用药，一直注重“谨守病机，各司其属”。依病机不同采用“治胃八法”治疗胃脘痛。肝气郁结者重用疏肝和胃，以柴胡疏肝散加减；胃阴亏虚者用养阴益胃法，方以益胃汤合芍药甘草汤加减；脾阳虚弱者，用健脾温胃法，方选黄芪建中汤合四君子汤加减；食滞胃肠者用化滞开胃法，方选保和丸加减；郁热犯胃者，用泄热清胃法，方选化肝煎合左金丸加减；湿邪困阻者用祛湿健胃法，方选二陈汤加味；久病入络者用化瘀调胃法，方选桃红建中汤加减；心神失调者采用开窍醒胃法，方用自拟开窍醒胃汤加减治疗，重用菖蒲、远志开窍化痰醒胃。明辨病机，巧施经方，随症加减，是治疗胃病的关键。
治病求因
《素问·宣明五气篇》说：“心藏神，肺藏魄，肝藏魂，脾藏意，肾藏志。”神、魄、魂、意、志是精神活动的不同表现，分别与五脏相关，故把心、肺、肝、脾、肾合称为“五神脏”。陈宝贵认为五脏的生理活动，与人体的精神密切相关，反之亦然，即人体的精神直接影响五脏的生理活动。胃病者，性多思虑，临床胃病患者往往伴有肝气不舒，甚则失眠、抑郁，故陈宝贵认为情志不畅是胃病的重要病因，不仅“胃不和则卧不安”，也有“卧不和则胃不安”，如属后者，病因不除，病不可能得愈。遇有胃病伴有失眠、焦虑、抑郁症状者，陈宝贵强调注意患者的精神状态，注重区别因果关系。如果主因情志所致的胃病，除了重用柴胡、郁金、佛手、香元等疏肝解郁药，陈宝贵特别注意患者的情志调节，如可心理疏导的，无论门诊再忙，也要跟患者沟通让患者心情舒畅，改变心境；如心理疏导效不佳者，则辅以相关抗抑郁药或抗焦虑药，患者精神症状减轻的同时，胃病症状常常也相应减轻。很多服用治疗胃病中、西药不效的患者，在调畅情志后病情都获好转或治愈。
调理气机
脾主升清，胃主降浊，清升浊降则脾胃功能正常。胃炎患者常诉胃脘胀满、嗳气、呃逆、排气不畅，此是脾失升清，胃失降浊，气机不畅所致。所以，重用理气药调理气机是治疗胃炎的关键。若肝郁气滞者，选疏肝理气药，常用柴胡，砂仁；若痰阻气滞者，则用化痰理气药，常用陈皮，竹茹。