小青龙汤出自《伤寒论》第40条：“伤寒表不解，心下有水气，干呕，发热而咳，或渴，或利，或噎，或小便不利、少腹满，或喘者，小青龙汤主之。”又见于《伤寒论》第41条：“伤寒，心下有水气，咳而微喘，发热不渴。服汤已渴者，此寒去欲解也。小青龙汤主之。”
通常认为，“伤寒表不解，心下有水气”为小青龙汤证之病机。如陈蔚在《长沙方歌括》中指出：“此伤寒太阳之表不解而动其里水也。麻、桂从太阳以祛表邪，细辛入少阴而行里水，干姜散胸前之满，半夏降上逆之气，合五味之酸、芍药之苦，取酸苦涌泄而下行，即欲下行而仍用甘草以缓之者，令药性不暴，则药力周到，能入邪气水饮互结之处而攻之。凡无形之邪气从肌表出，有形之水饮从水道出，而邪气水饮一并廓清矣。”
“伤寒表不解，心下有水气”，可解读为既有“伤寒表不解”，又有“心下有水气”。也可解读为“伤寒表不解”的原因是“心下有水气”。后一种解读强调了本证中的重点在于“心下有水气”。从临床角度来看，这两种解读都是可行的。
水气，方有执在《伤寒论条辨》中指出：“水气，谓饮也。”成无己在《注解伤寒论》中直接称为“心下有水饮”。张志聪在《伤寒论集注》中指出：“《经》云：在天为寒，在地为水。水气即寒水之气而无形者也。”当代医家冉雪峰在《冉氏方剂学》中用“从化”理论作解：“大青龙乃治太阳从标气，郁而化热。本方是从太阳本气，郁而化水……仲景条文，水气二字须着眼。盖气郁化水，而尤未甚，故曰水气。”从临床角度来看，水气可以理解为我们通常所说的“寒饮”。
心下，通常我们理解为胸膈下之胃脘部。“心下有水气”，显然“心下”是水气所停部位。那么，本证之水气是停于胃脘部？张志聪在《伤寒论集注》中说：“水气逆于心下，故干呕。”从干呕这一症状反推，张志聪认为心下应该是胃脘部。《伤寒指掌》中邵评：“发热无汗是表不解，干呕而渴是水气为患，饮寒相搏，逆于肺胃之间也。”此注认为水饮停于肺胃之间。《医宗金鉴》认为：“太阳受邪，若无水气，病自在经；若有水气，病必犯府。病府，则膀胱之气化不行，三焦之水气失道……小青龙汤外发太阳之表实，内散三焦之寒饮……”此注中水气停留部位是三焦。日人馆野健认为，古人对心下有水气的思想是从鼻涕、喘咳、咳痰（稀薄水样、黏液性的）、心窝部振水音建立起来的综合性病理观。这种解释足具新意，但已属个人的超常发挥了。
当然，很多注家采取了回避策略，不明言心下究竟为何处，只是用一“里”字概括。于是“伤寒表不解，心下有水气”就被解读为我们通常所说的“表寒里饮”。 成无己在《注解伤寒论》中并没有明确指出“心下”在何处，但从其以“形寒饮冷则伤肺”来解读小青龙汤证可知，水气所停部位当然是肺。
从临床角度来看，如以八纲解读六经，水气所停部位在里，小青龙汤证的病机为表寒里饮；如以脏腑经络解读六经，水气所停部位在肺，小青龙汤证的病机是风寒外感，寒饮停肺。