六神丸具有清热解毒、消炎止痛之功效，临床应用于外治各种疣病，有较好疗效。
扁平疣：取六神丸30粒，用白纸包裹碾碎，加米醋少许，搅拌成黏稠状备用。睡前用毛巾热敷患处10分钟，使疣体表面软化，将药糊外敷于扁平疣上，尽量覆盖完全，次日早上除去，洗净患处，7日为1个疗程。
跖疣：先用75%的酒精消毒皮损，以75%酒精消毒的指甲刀将皮损剪小。取六神丸皮损小的1粒，皮损大的3~5粒，研成细粉，将药粉撒在皮损处，再用麝香壮骨膏敷贴固定，每4日换药1次，4天为1个疗程。
寻常疣：先将患肢置于热水中浸泡至皮损变软，以75%酒精消毒皮损，再用75%酒精消毒指甲刀或剪刀将疣体表面的角质层轻轻刮去，将3~5粒六神丸研细，外敷，用纱布固定，1周后取下。数个疣一般不需要个个用刀刮，选择其中疣体较大者或原发的母疣用刀刮后贴敷，母疣消失，其周围续发是子疣多能自行消失或脱落。（胡佑志）