由于不合理使用抗生素治疗疾病，而引起的肠炎称“抗生素肠炎”。抗生素肠炎的主要表现为：腹泻每日在3～20次，大便呈绿色稀便或水样便，有时为米汤样或蛋花样，少数略呈暗红或见膜状沉渣；大多伴有腹胀、但腹痛并不剧烈，体温及白细胞数升高，严重者可致便血、中毒性肠麻痹及中毒性休克。
医学资料表明，凡能抑制和杀灭细菌的抗生素均能引起抗生素肠炎，如林可霉素、氨苄青霉素、头孢霉素、氯霉素、四环素、红霉素、新霉素、复方新诺明、柳氮磺胺吡啶、利福平等，其中以林可霉素、青霉素类及头孢霉素类或联合用药时，最易引起抗生素肠炎。
常见的抗生素肠炎，可有二种：—是伪膜性肠炎，土要病变发生在结肠，有时也可累及小肠，为此病的严重类型，其病死率可高达20％～40％；二是出血性结肠炎，多为合成青霉素及其衍生物(氨苄青霉素等)引起以肉眠血性大便为临床特点；三是肠黏膜性腹泻，多数为使用抗生素即见腹泻，症轻，不见肠黏膜改变，停用后即可自愈。
抗生素肠炎的治疗，首先应停用抗生素，服灭滴灵、磺胺嘧啶及口服大蒜亦有效。中药吴萸、黄连、木香、白头翁、泽泻煎服效佳。