很多家庭养金鱼时可能发现，鱼缸里的水总是混浊不清，有粉尘样的东西，过滤泵也总是滤不干净。其实，水族箱的过滤设备只能过滤鱼粪、食物残渣等，像鱼尿等排泄物是不能通过过滤设备的，因为过滤盒中的过滤布是不能将看似雾气蒙蒙的细微粉尘过滤掉，它只能过滤较大的粉粒。另外，由于鱼尿等细微粉尘里含有氨氮成分，散发在空气中会污染室内环境，因此，鱼缸成了一个污染源。细微粉尘只能靠鱼缸内壁长出来的青苔吸收，因而每次清刷鱼缸时只刷鱼缸正面(也就是观赏的一面)即可，其他面的青苔留下来，用以吸收鱼排便所产生的细微粉尘，还可吸收水中的有害物质并释放出氧气。
此外，过滤泵还会产生噪音污染，无论是内置泵还是外置泵，如果鱼缸摆放的位置离人休息的地方太近的话，在夜深入静的时候噪音都会让人难以安静人眠。如用连接过滤泵和过滤盒的两根水管以及鱼泵的电源线，将鱼泵悬空吊在鱼缸内一侧的中间位置，就能避免了噪音向空气中的传播，这样噪音绝大部分被鱼缸中的水给吸收了。还要注意的是过滤泵的磁场相当高，赏鱼时尽量避免贴着鱼缸。