陈纪藩教授的主要临床和科研方向是中医药治疗类风湿关节炎（RA）的研究，RA属中医痹证的范畴，成书于公元三世纪的《伤寒杂病论》对本病的病因、证候、治疗有比较详细的阐述，并提出“历节病”这个病名，后世医家在此基础上有所发展，提出“顽痹”、“鹤膝风”等。对于RA病因的认识，陈纪藩教授遵从《金匮要略》有关历节病的论述，主张本病的发生是由于肝肾不足，气血虚弱，复感受风寒湿邪所致。《金匮·中风历节病篇》指出：寸口脉沉而弱，沉即主骨，弱即主筋，沉即为肾，弱即为肝；汗出人水中，如水伤心，历节黄汗出，故曰历节”。“少阴脉浮而弱，弱则血不足，浮则为风，风血相搏，则疼痛如掣”。
在《金匮要略》治痹思想指导下，陈教授提出其基本特点是正虚有邪，寒热错杂，病情缠绵，经久难愈。因而在诸多的方剂中，陈教授认为张仲景的桂枝芍药知母汤，既能祛风除湿，温经散寒，又可滋阴清热，比较切合RA的中医病机，并在桂枝芍药知母汤的基础上进行加减，研制出通痹灵片、通痹灵合剂等系列治疗类风湿性关节炎的制剂，治疗多种疑难风湿病取得满意效果，形成了广州中医药大学第一附属医院的特色。在提高临床疗效的同时，陈教授开展了广泛而深入的科学研究，先后主持完成了国家自然科学基金重点项目、面上项目，中日合作项目等10余项科研课题，对中医药治疗类风湿、强直性脊柱炎的作用机理进行了系统研究，建立了20余项风湿病实验专项技术（SOP）以及一整套风湿病药物的成分筛选、疗效评价和机理研究的方案，形成了一个从理论到实验，从实验到临床的抗风湿中药新药筛选平台。先后在中华系列等杂志发表60余篇学术论文先后获得国家科技进步二等奖，中华中医药学会科技进步一等奖，教育部科技二等奖和广东省科技进步二等奖等多个奖项，并获国家专利授权1项，在中医药抗风湿病的基础研究方面处于国内先进水平，较大地促进了国家重点学科和重点风湿专病的建设，以及中医药防治风湿病的学术推广和经典名方的运用。
陈教授倡导的“经典紧密结合临床，医教研协调发展”的教学理念和学科建设模式，被专家认定为在全国中医院校中最具特色和优势。
陈纪藩教授认为风湿病中，不同病种具有不同的病机特点和预后，因此，对于不同病种，或同一病种的不同阶段的治法，应病证结合，辨证施法。
1 攻补兼施
风湿病是一种慢性全身性疾病，多表现为病程长，病情复杂，多是正虚邪恋的病理状态，处理好扶正与祛邪的关系，是治疗中需要全程关注的问题。陈教授认为扶正重在气血，补益重在脾肾。气血旺盛流行，则邪去痹开。具体运用中，气血俱虚者常四物、四君合而用之；气虚为主者，用四君子汤加淮山、黄芪；血虚为主者，用四物汤加阿胶；健脾益气喜用补中益气汤；补肾常用八味肾气丸加减，偏肾阳虚者，加用仙灵脾、杜仲；偏肾阴虚者，去附子，加龟板、黄精、枸杞等。后世的独活寄生汤亦是陈教授的常用方，方中杜仲是陈教授治疗类风湿关节炎常用药，具有补肝肾、强筋骨之功。如《本草汇言》云：“凡下焦之虚，非杜仲不补；下焦之湿，非杜仲不利；足胫之酸，非杜仲不去；腰膝之痛，非杜仲不除。”
关于祛邪，陈教授认为，一般而论，痹证多因风寒湿邪所致，由于病程冗长，病情复杂，多有湿邪久留不去，湿邪留恋往往贯穿于风湿病的整个病理过程，故除湿为治疗之第一要务；湿留日久聚而成痰；气血阻痹日久而成瘀。所以，在祛邪方面，既要注意风寒湿邪，更应注意痰瘀为患。真气不足，痰瘀交阻，既是风湿病病理变化的结果，亦是造成风湿病缠绵难愈的重要因素。因此，在论治中适当选用化痰、祛瘀药是很必要的。但由于患者有正虚的一面，在方药选用时，平补平泻是其要旨，多用淡渗利湿、健脾化痰、活血化瘀之法，少用逐湿，破血逐瘀之峻剂。
2 寒温并用
风湿病由于病程较长，加之体质、病因、时令、气候、生活习惯以及治疗方法等诸多因素的影响，常常呈现寒热错杂的现象，面对这种病情错杂之证，陈教授主张必须用药性相反的药物并投的方法方能取得临床疗效，因为药物性味各有所偏，藉药物的这种偏性可纠正人体阴阳的偏颇，使之恢复平衡。运用这种治疗方法，通过适当的寒温配伍，可以缓解方中寒凉药或温热药的过偏之性，从而做到平补平攻，获得更为满意的治疗效果。如痛风性关节炎多为寒湿内蕴，化浊化热之证，患者虽局部红肿，但舌脉尽显寒湿，陈教授常用五苓散合化湿清热的土茯苓、川萆薢、银花藤等常能奏效。
3 燥润互济
燥润互济的治法在治疗风湿病中应是一种重要的治疗方法，风湿病的病理变化中，有肝肾气血不足，筋骨失养之正虚，又有风湿痰瘀之邪恋。祛风、除湿、化痰多用辛燥之品。但是过用久用辛燥的药物往往易造成耗液燥筋之弊，容易造成筋脉失养，倘若只用养血滋养之品则有留湿生痰之虞，临床运用方药时，要注意运用燥润互济的治疗方法，比如陈教授治疗硬皮病时，常将活血化瘀的当归、红花、水蛭、土鳖虫配伍养阴润燥的麦冬、石斛、玉竹等。
4 方药灵活加减
风湿病病因复杂，病程漫长，陈教授诊病十分注重了解患者发病及病情变化的原因，陈教授认为，不同病因致病的症状特点不一样，治疗上也有很大差异。在辨病辨证的基础上，针对患者起病或变证的原因精确加减药味，能大大提高临床疗效。陈教授临床常用加减法包括：偏于风者酌加防风、羌活、川芎；偏于寒者酌加麻黄、桂枝、制附子、干姜、细辛；偏于湿者酌加川萆薢、绵茵陈、泽泻、威灵仙；偏于热者,其中风热者酌加忍冬藤、白花蛇舌草；肝肾阴虚者，加续断、桑寄生、干地黄、女贞子、旱莲草、玉竹等；偏于瘀者加三七、姜黄、川芎、当归、丹参、泽兰、桃仁、红花；脾胃不和加茯苓、砂仁、紫苏梗、桑螵蛸；气血不调加桂枝、黄芪、益母草、鸡血藤。
此外，陈教授擅长借助药物的归经属性，针对不同的病位选用不同药物以求直中病所。例如：病在上肢者酌加桑枝、桂枝、姜黄；病在下肢者酌加牛膝、杜仲；腰背部加杜仲、桑寄生、续断、鹿含草等；胸部加引经药枳壳、丝瓜络等；病在头项者加菊花、葛根、钩藤；筋脉拘挛者常加木瓜、白芍、甘草、玉竹、山药等滋养筋脉。
5 合理运用特殊药物
陈教授在临证中对药对以及虫类药、藤类药的运用可谓出神入化，得心应手。陈教授认为，药对用得好，可以事半功倍，提高处方的整体疗效。功用相近者，合用针对主证；功用不同者，相伍制其弊端；功用相反者，调和纠其偏颇。陈教授临床常用药对包括：桑枝配桂枝，缓解上下肢疼痛；芍药配甘草，酸甘化阴，缓急止痛；桑枝配木瓜，舒筋脉缓拘急；桂枝配黄芪，益气通阳行痹；牡丹皮配赤芍，凉血活血；泽兰配泽泻，利水消肿渗湿；土茯苓配川萆薢，对湿热痹能利湿分清浊；浙贝母配胆南星，消关节顽肿属痰湿滞络者。等等。
虫类药和藤类药同具通络之功，对于风湿病关节肿痛畸形者，适当加用使治疗更有针对性，有效祛除顽痹。痹证日久，“久病入络”,“久病必瘀”，在治疗时除散风祛湿通络外，可以酌加地龙、蜈蚣、蝎子、乌梢蛇、穿山甲等走窜搜剔之品，搜剔筋骨，通经活络，清除顽痹，取“虫蚁迅速飞走之灵”的特性，借其“俾飞者升，走者降，血无凝著，气可宣通，搜剔络遂之瘀类”的特点治疗痹证。若见关节畸形，屈伸不利，多用桑枝、桂枝、络石藤、宽筋藤、鸡血藤、银花藤、海风藤等通经活络。
广东省名中医陈纪藩教授今年七十有二，但依然神清气爽、容光焕发。他为人谦和友善，思路敏捷，步伐矫健，现仍每日临诊看病查房，亲自带教学生，不遗余力。其旺盛的精力、工作的劲头让许多中青年人自叹不如。他以“未病先防”为养生的指导思想，以调情志、适饮食、慎起居、勤锻炼为主的养生的基本法则，关于陈纪藩教授的养生之道总结归纳如下：
一、心态平和，淡泊名利
陈纪藩教授遵从《素问·上古天真论》曰：“恬淡虚无，真气从之，精神内守，病安从来”。他豁达乐观，心态平和，淡泊名利。他认为凡做事须先学做人，做人须尽责任。他常说，人生活在社会上，难免会碰到这样或那样的不愉快，如家庭不和，人事纠纷，被人误解，事业不顺等等，在这个时候，重要的就是要思想乐观，胸怀开朗，淡泊名利，坦然处之。要老老实实干事，夹着尾巴做人，人不可以有傲气，但不可以无傲骨。做人要与人为善，正直坦荡，荣辱不惊，努力工作，以诚待人。不要贪图名利，只有心态平和才能促进生理平衡。如果心态不平和，容易造成气血不畅，阴阳失调而导致各种疾病的发生。精气神宜养，平常心宜安，万事有度不强求这是养生第一要素。
二、饮食均衡，荤素搭配。
陈纪藩教授注重营养平衡和荤素搭配。他一方面减少动物脂肪、高胆固醇、高糖、高淀粉食物的摄入，另一方面多吃植物蛋白质和各类新鲜的蔬菜、水果等高纤维素、高维生素食物。他认为蔬菜中含有丰富的食物纤维，食物纤维在胃肠道中遇水形成致密的网络，吸附有机物、无机物、水分，对维持胃肠道的正常菌群结构起着重要作用；同时，肠内容物中的毒素会被纤维素吸附，肠黏膜与毒物的接触机会减少，进入血液循环的毒素亦减少；而且食物纤维体积大，可促进肠蠕动，其中的水分不易被吸收，从而有通便作用，预防便秘。他吃鱼主张吃有鳞的鱼，因为无鳞的黄鳝、鳗鱼、蛇等等之类的鱼胆固醇含量太高，对于老年人尤其不宜。尤其主张少吃虾、蟹、甲鱼、狗肉等等，易致高尿酸、高血脂等。每天坚持吃一个苹果，苹果不仅可以调节肠胃功能，降低胆固醇，降血压，防癌，减肥，不但含有多种维生素，脂质，矿物质，糖类等构成大脑所必需的营养成份，有补脑养血、宁神安眠作用。粗细搭配，粗粮为主，荤素搭配，素食为要；常常定时定量，吃饭只吃八分饱，有节有度，顾护脾胃，以免“饮食自倍，脾胃乃伤“。
三、早睡早起，动静结合。
人与自然是一个整体，人的生命活动和自然界的阴阳消长变化息息相关，所以要想健康长寿，必须要与自然四时阴阳消长变化相适应，从而提高机体对自然环境的适应能力，五脏元真通畅，人即安和。陈纪藩教授每晚10：30左右睡眠，早晨6：30点起床，起床后喝杯温开水，每天早上坚持做40个俯俯卧撑，中午午睡1小时左右，几十年如一日，从不间断。他认为早睡早起能使人精力充沛，保持清晰头脑。健康贵在气血通行，运动可以理气活血、舒通筋脉。他每周2次爬白云山，几十年如一日。他坚持“每日必读”，每日都要读书读报，汲取新知识、新信息，不断充实自己，持之以恒的动静结合是增强体质、提高抵抗力和预防衰老的有效方法。
陈纪藩教授养生之道
做人做事：中医人应淡泊名利，精勤不倦；勤求古训，博极医源；胆大心小，智圆行方。
养生之道：早睡早起，勤思考，常锻炼，天人合一。
养生要领：四时相应，劳逸有度，饮食有节，持之以恒。
陈纪藩医案：强直性脊柱炎
陈某某，男，20岁，于1999年7月18日入住本院。因双膝、双躁、跖趾关节肿胀疼痛、活动受限3月余.伴腰能部时有酸痛。曾在某医院予西药治疗未效（诊断用药不详)。入院时除上述症状外，伴见发热(体温39℃)，神倦乏力，颈项拘急不舒，胃纳可，二便如常，舌暗红、苔白厚微黄，脉浮数。查体：心肺无特殊，双膝、双躁、足背肿胀，尤以膝关节处为甚，疼痛拒按，触之稍热，屈伸不能，压髋试验(+)。实验室检查:血沉109mm/h，抗“O”(-)，类风湿因子42.0U/ml，C-反应蛋白144mg/L，IgG22.9g/L，IgA4.02g/L，人类白细胞抗原B27型(+)。血白细胞6.7x10e9/L，血红细胞4.94x10e9/L，血红蛋白85.8g/L，血小板399x10e9/L。X线报告:双膝、双踝关节诸骨边缘骨密度高，未见骨质破坏，关节腔未见变窄，关节周围软组织肿胀影；双侧骶髂关节骨质密度高，边缘模糊，有虫蚀样改变;双髋关节未见骨质病变。骨盆CT检查：双侧骶髂关节面下见虫蚀状骨质破坏，关节间隙稍窄，双髋关节未见骨质损害。临床诊断：中医：痹证(湿热毒瘀型)；西医：强直性脊柱炎(早期)。
治疗经过:通痹灵6片/次，通痹灵合剂（本院制剂）20ml/次，均每天3次，饭后服。中药处方:黄柏、苍术、防风、川太、威灵仙各15g，薏苡、忍冬藤各30g，川牛膝18g，三七片(先煎)、泽兰、泽泻各12g，炙甘草6g。水煎服，每日1剂。住院期间静脉滴注青霉素640万U/d，共10天；静滴穿墟宁0.6g/d，香丹注射液20ml/d，以预防感染及加强解毒散瘀。按上述治疗方案，共住院34天，诸症消失，因患者要返校读书，于8月21日出院。
出院后未再服中药汤剂，只坚持服通痹灵6片/次，通痹灵合剂20ml/次，均每天3次。患者于2000年3月22日来院复诊，精神体力如常人，出院后关节诸症未有反复，各肢体关节及脊柱活动功能完全正常。前述各项实验室指标恢复正常。复查CT示:双侧骶髂关节间隙较前稍增宽，关节面较平整，原有骨质破坏见好转。
陈纪藩医案：脾肾阳虚型狼疮性肾炎
患者，女，39岁，2004年11月14日初诊，自诉10余年前发现系统性红斑狼疮，一直服用激素治疗，病情控制尚可。近2月开始出现全身浮肿，双下肢为甚，在外院治疗，未明显缓解。近2天症状加重，症见：面部红斑，疲乏无力，全身浮肿，双下肢为甚，按之凹陷没指。轻微咳嗽，痰少色黄。腹胀，纳少，眠差，二便量少。舌质尖边红，苔白稍厚，脉细滑。
中医诊断：阴阳毒脾肾阳虚
西医诊断：系统性红斑狼疮狼疮性肾炎
治法：温阳利水，养阴清热
处方：熟附子、白术、汉防己、桂枝、神曲15g，白芍、山茱萸、酸枣仁20g，黄芪、茯苓皮、薏苡仁、泽泻30g，麻黄、砂仁6g
服上方7剂后，患者水肿渐消退，胃纳好转，睡眠佳，尿量可，大便正常，症状好转出院。出院后继续予健脾益气、补肾温阳之中药调理。