南京中医药大学依托学科资源，搭建实践平台，改革教学内容、教学方法和教学手段，以本科生导师制为载体，第一课堂与第二课堂互为补充，课程教学、科学研究、学生动手能力培养与生产实践活动有机融合，构建完整的大学生实践创新能力培养体系。
从课程教学入手，实现课内课外实践创新能力培养有机融合
南京中医药大学药学院主动适应中医药产业发展的需求，调整人才培养方案，明确课程教学必须以学生的创新能力培养为主线，有目的有计划地在课程学习中进行相关能力训练，培养学生的自学能力、实践能力、沟通交流能力和社会适应能力；将课堂教学与实践教学的比例设为1:1～1:1.5；切实改革教学方法，积极推进讨论式、启发式、案例式、研究式和以问题为中心的教学方法。同时，第一课堂主动向第二课堂延伸和辐射，参照理论课程的管理办法对第二课堂的活动进行规范管理、科学设计、统筹规划、统一组织、单独考核、单独计算学分，积极倡导学生参加科研实践训练项目和创新实践活动，鼓励和引导学生参加各级各类学科竞赛。
整合学科、专业资源，创新本科生导师制模式
学校以学科综合训练中心为基础，以江苏省中药资源产业化过程协同创新中心（2011协同创新中心）、教育部中药炮制规范化与标准化工程研究中心、江苏省方剂高技术重点实验室、江苏省海洋药物研究与新药开发中心、江苏省植物药深加工工程技术中心等重点学科科技平台为载体，通过向学生开放科研实验室，推动学生实践创新能力的提升，学科重点实验室与研究基地平台成为人才培养基地。积极探索中药学专业本科生全员导师制，形成了由专业教师、辅导员、高年级研究生“三位一体”的导学体系；对于已被遴选进入学校以及省级、国家级科技创新项目的师生团队，学校借助导学体系，强化指导，促进项目的创新性和质量不断提高。
依托学生科创社团，营造浓郁氛围
学校成立大学生科技创新协会、本科生导师制学生俱乐部等学生科创社团，组织开展大学生科研骨干培训班、实验技能自主设计大赛、“药之韵”中药科技节、各类学术讲座论坛等。借助QQ群、短信平台等现代传媒技术，搭建了“参与学生、指导老师和管理者”互动交流的网络平台；通过层层发动、广泛宣传，表彰先进、树立典型，在教师和学生层面形成“学生求知和教师指导互动、教师科研项目和学生科技创新训练结合”的局面，全面营造大学生科技创新的浓郁氛围。
积极寻求社会资源，搭建产学研实践平台
学校通过建设模拟药房、中药标本馆以及占地近60亩的药用植物园，实现“中药实地实物”教学；利用南京海昌中药集团等教学实习基地的“产—学—研”教学实践平台，开展学生暑期专业见习；与江苏康缘药业合作共建“康缘中药学院”，萧伟等企业技术带头人担任学校产业教授，参与人才培养工作。
大学生实践创新能力培养成绩显著
2011年获第十二届“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛特等奖1项，是全国中药学专业唯一特等奖，南京中医药大学因此成功晋级为“挑战杯”全国大学生课外学术科技比赛发起高校。2012年获得第八届全国挑战杯大学生创业计划竞赛金奖1项，第七届江苏省挑战杯创业计划竞赛金、银、铜奖各1项。2013年获得全国大学生挑战杯一等奖1项、二等奖2项、三等奖1项，获得全国性其他科技竞赛三等奖以上共3项；2014年获得全国“创青春”创业计划大赛三等奖2项，2011年-2014年总成绩位列全国中医院校第一。2010年至今天，获得江苏省普通高校本专科优秀毕业设计（论文）二等奖2项、三等奖6项，优秀团队2项（7人次）。在首届全国中医药高等教育技能大赛－“中医药社杯”中药学类专业学生知识技能大赛中荣获个人一等奖、三等奖各1名及团体三等奖1项。
面向“十三五”，南京中医药大学中药学专业将依托学科的强大支撑，牢固确立人才培养的中心地位，进一步彰显专业优势和特色，树立科学的高等教育发展观，坚持稳定规模、优化结构、强化特色、注重创新，走以质量提升为核心的内涵式发展道路。紧贴行业需求，积极发展同企业的联盟，推进产学研相结合，力争把专业建设成为师资力量雄厚、教学科研成果均居国内同类院系前列的一流中药学专业。