系统总结中药文献，传承中医药精华
逢拥国家中医药发展的机遇，承负振兴中医药发展的重托。1954年江苏省中医进修学校（南京中医药大学前身）成为全国最早创办的中医药高等院校之一，同时，也是国内较早开展中药学高等教育的院校之一。我国中医药界第一代学部委员、著名中药学家叶橘泉教授自1956年建立中药学教研组，自此开始了南京中医药大学中药学专业建设的辉煌历程。特别是，南京中医药大学在中药学专业创建初期特别重视教材建设和文献整理工作。至今，业内人士说起南中医的历史贡献,都不能不提到三部划时代的鸿篇巨著——《中药大辞典》《中医方剂大辞典》和《中华本草》。
遵循“条条追根，字字落实”的原则，阅遍浩如烟海的经史子集，又历经十年“文革”浩劫艰难保存成果，南中医人历经19年编撰而成的《中药大辞典》是一部有世界影响的现代中药奠基性的工具书，该书累计发行一百余万册，先后荣获首届全国科学大会科技成果奖和首届中国辞书一等奖，这是我国辞书、工具书的最高奖。集古今医方之大成的《中医方剂大辞典》历时12年，收载了中医有史以来散在于各类著作中的方剂96592首，填补了明朝《普济方》以来对方剂全面整理研究的历史空白，荣获国家科技进步三等奖。作为卫生部、国家中医药管理局向国庆50周年献礼的《中华本草》，南中医作为总负责单位，历时17年完成了这一皇皇巨著，被原全国人大常委会委员长李鹏同志誉为“当代的《本草纲目》”。至今，《中药大辞典》、《中医方剂大辞典》、《中华本草》，仍是目前最好的综合性中医药工具书，为中药现代创新研究奠定了坚实基础。三部沉甸甸的著作、三张金灿灿的“名片”，在南中医的发展史上，乃至中医药事业的发展史上永远留下了“盛世修典”的无上荣光。
开拓创新，辐射示范作用彰显
中药学专业建设早期，学校十分重视科学研究对中药人才培养的促进作用。在上世纪70年代初，庄毅教授经过12年持之以恒的野外考察与实验研究，引种天麻栽培成功，并研制天麻注射液于1981年投产，上述成果分别于1982、1986年获得江苏省科技进步奖。80年代中期，庄毅教授又从民间发掘出一种药用真菌——槐耳菌，并以现代固体发酵工艺，研制成抗癌新药，槐耳菌质与槐耳颗粒同时获卫生部中药一类新药证书，属全国首创，该项成果获1998年度国家科技进步三等奖，目前仍在临床使用，取得了显著的社会经济效益。90年代初，蔡宝昌教授揭示了马钱子炮制减毒机制是由于炮制引起氮氧化的结构变化，“中药马钱子炮制机理的研究”成果获1996年度国家科技进步三等奖，该奖项是中药炮制学界第一个国家科技进步奖。近年来，段金廒教授构建了中药资源化学学科体系，将理论创新成果用于中药资源生产实践，“中药资源化学研究体系建立及其应用”成果获国家科技进步二等奖。
同时，学校积极将最新科学研究成果、技术及时转化为教学内容，学校被卫生部确立为第一批全国中医药师资进修教育基地，相继举办了4期全国《中药鉴定学》师资培训班和2期《中药炮制学》师资进修班，为全国医药院校、药检机构、相关企业培训了一大批中药鉴定、中药炮制学科的师资和技术人员，如今他们大多成为全国各地相关专业岗位上的学科带头人和学术骨干。2014年学校成为首批全国中药特色技术传承人才培训基地，2015年成为国家级中药炮制传承基地建设单位。
以人才培养质量提高为核心，构建学科支撑专业发展模式
学校充分认识到学科在专业可持续发展中的龙头地位。1994年，学校中药学学科与中国药科大学生药学学科联建被江苏省政府确立为江苏省中药学重点学科，围绕中药炮制、中药鉴定、中药资源等特色和优势发展，中药学学科队伍学术水平不断提高；2002年中药学学科一举成为国家一级重点学科，连续建设至今。其间中药学学科又被列为江苏高校优势学科建设工程一、二期项目。学校把学科建设优势转化为中药学专业人才培养的优势，科教协同，全面融通，学科与专业建设共享平台。
学校各级各类重点实验室与工程技术研究中心等优势科技资源以本科生导师制为桥梁，使学科重点实验室与研究基地平台成为人才培养基地。通过共享与激励机制的实施，推动学科与专业建设中的科研团队与教学团队的有机融合，建立科教一体教学团队。
学校鼓励教师及时将科研成果转化为理论课程教材内容、实验课程项目、多媒体课件资源，形成以研促教的长效机制。如以段金廒教授为首席科学家的“973”项目“基于‘十八反’的中药配伍禁忌理论基础研究”部分研究成果已转化为行业规划教材《中药学》的内容。“十一五”科技支撑计划“药材采收、初加工、贮藏过程中共性技术研究”中当归、银杏等研究成果已转化为中医药行业“十二五”规划教材《中药资源化学》的内容。中药五类新药“荆感胶囊”的研究成果转化为中药分析综合实验“荆感胶囊的质量标准分析”。国家自然基金项目“半夏的毒性成分和炮制解毒机理研究”、“天南星科有毒中药炮制解毒共性规律研究”的成果转化为国家“十二五”规划教材《中药炮制学》的内容等。
通过上述实践，南京中医药大学中药学专业建设水平显著提升，2008年中药学专业成为国家特色专业、2010年成为江苏省品牌专业，2012年成为江苏省重点专业类核心专业，2015年又成为江苏省品牌专业（A类建设点）。