中药朱砂具有镇心安神、清热解毒、明目等功效，在很多中成药中都含有朱砂，如安宫牛黄丸、康氏牛黄解毒丸、牛黄清，乙丸、朱砂安神丸、苏合香丸、至宝丹、紫雪丹、天王补心丹、小儿金丹片、桃花散、冰硼散、牛黄抱龙丸、保赤万应散、定心丹、利心丸、七厘散、磁朱丸等。然而，由于朱砂的主要成分为硫化汞，其中的汞与碘盐中的碘接触发生化合反应后可生成碘化汞。虽然有些中药含朱砂成分不多，但长期服用还需防范碘化汞对肠黏膜的伤害。碘化汞具有腐蚀性，可刺激、损害、腐蚀肠黏膜，从而导致病人出现腹痛、腹泻、肠黏膜溃烂，拉脓血便等药物性肠炎症状。这种情况常会被医生误诊，所以服用含有朱砂的药物时，不宜食用加碘盐。
碘盐中所用的碘是碘酸钾，而不是以前食用的碘化钾。碘化钾不稳定，容易挥发、破坏或流失，但碘酸钾比较稳定、不易被破坏，即使高温烹调、长时间炖煮、日光暴晒对碘盐中的碘损失很少(小于5％)。