春秋战国时期，孔子于烽烟乱世秉周礼之烛火，建儒家信仰以匡扶天下。上古混沌时代，神农亲自尝遍百草，制良药以普济万民。贯穿千年的儒家思想成为了中华传统文化的核心，中医药在自身蓬勃发展的同时也深深受到了儒家文化的影响，其思想的精髓在中医药的各个方面都有着很好的体现。
“仁者爱人”与中医医患关系
儒家文化最核心的部分就是“仁”。“仁”对内在于自身的心境和修为，对外在于对待他人的态度。孔子讲“仁者爱人”，对除自己之外的他人有着爱之心，这是一种爱自己的表现，推己及人呈现出对自我所在世界的肯定，是一种非常积极而富有德性的态度。
孔子所提倡的德性最主要体现在对人的道德上（这与古希腊以柏拉图为代表的哲学家的观点有一些区别。他们对正义与德性的看法不专门针对应该如何对待他人，而是以探索世间（甚至物外）最根本的正义、德性为最终目的。），换句话说，孔子是关心人的。他不仅关心每个人自我的德性是否完满，还强调人在社会上是否生活得有意义、相互间的行为是否顺心而得体。不得不说，孔子是一个非常富有人文关怀的思想家，“仁”的前提一定是人。
孔子对人的关注在中医药文化中有着非常好的体现。引入西方医学作为对比，中医在诊疗时非常关注病人个体的不同体质。“辨证论治”不仅仅是看见病症本身，而是结合了不同病人的情况综合考虑的结果。
有一个例子很好地说明了这一现象：同样是得了完全相同的风寒感冒（这里指症状、患病时长、患病原因等等都相同）的同龄患者，经过望、闻、问、切后综合各方信息，中医医师会开出不同的药方——即使可能只是极其细微的差别——因为他们的体质不同；而就在譬如广西石头乡这样的地方，从来没有对那里的人做过药理实验，但是当地卫生所的大夫却可以不假思索地给当地人发放阿司匹林。
总的来说，中医是医师与患者之间的互动，医师的目的是调和病人的身体，用阴阳之道来平衡体内的“气”（“气”、“阴阳”等概念主要出自道家学说，而孔子儒家思想的形成是受到过道家影响的，“儒道不分家”，所以不妨碍中医药文化中仍然体现儒家思想的观点），是从整体上考虑的结果（这里不包括一些诸如破皮流血的小型外伤），对人的关注突显了“仁”高于“术”的理念；而西医虽然也会考虑病人的身体状况，但思考的角度一定是“除病”，医生们工作的对象是那些出了毛病的组织器官，或者说杀死病毒细菌之类，从这个层面上来说是与病人无关的，是局部的救治，重在“术”而非“仁”。
论及此处，不得不提到一个相关的情况。西医的救治是由病例抽象出理论，再推广到更大范围实践的；而中医从病例入手归纳出一些经验，从古至今的医书记载即是医学知识的传承，但就像上文提到的那样，每个人的情况都需要对应不同的药方和治疗手段，书本上的理论不具有那样广的普适性。这使得西医在全世界范围内迅速推广，而中医由于需要大量经验的积累而推广缓慢。西医的这种强理论性和高普适性的特点使其在大工业生产的社会中备受推崇，救治效率的确较高。
“礼”“和”与中药方剂
除了核心思想“仁”以外，儒家思想中还有两个关键的思想——“礼”与“和”。“礼”与“仁”互为表里，是“仁”的外在体现。“和”表达的是一种和谐有序的关系，“和而不同”允许在统一的大范围内存在个性差异。“礼”由周公制礼得，是遵循天地自然运行的秩序而形成的人世秩序，体现在当时就是等级的差别。
“等级”不同于阶级的概念，等级是无论什么社会状态都会存在的——只要父子、师生等身份角色存在，就一定有事实上的高低差别，人与人之间就一定需要分级。这只体现角色的不同，不涉及人格意义上的尊卑。孔子出门无论远近都会乘车而行，并非偷懒或端着架子，而是在他的思想里这是士人之礼；“八佾舞于庭”（出自《论语》八佾篇第三，原文：孔子谓季氏曰：“八佾舞于庭，是可忍也，孰不可忍也？”）也是逾礼之举。他强调所有人都应该根据自己的身份做自己应该做的事情，即重要的“本分”思想（也有许多地方将这种活动称为“正名”，大同小异）。只有当人们既不推卸本属于自己分内事，又不逾越本分时，社会才会和谐地持续运作，天下大序才能建立并且维持。
从这个意义上看，中药的用药方式非常符合“礼”所主张的“等级”和“本分”思想。中医药方上都会写明每种药材的用量或药材间的配比，很多药材的熬制方式、火候掌握也有不同要求。中药的配制还讲求主辅有别，主药为君，辅药为臣（该观点出自《黄帝内经》），各司其职，各安其份。每一味药都有自己的用量和熬制方式，在药方中毫无保留地发挥着自己份内（“份内”同“分内”，在这里概念相同而写法不同，涉及汉语本身知识与本文无关，暂不做区分）的效用，以达到最终治愈病人的目的。每一味药都是一个灵魂。
除了用于别异的“礼”，儒家所主张的用于统一的“和”同样很重要。如果说“礼”是将个体的特点区别出来，“和”就是将所有的个体放入整体，强调整体的价值和意义。与佛家超凡脱俗、远离尘世的追求不同，儒家始终提倡积极“入世”的思想和做法。“学而优则仕”，“己欲立而立人，己欲达而达人”，个人的价值在社会中才能得到最大的体现。这就是鼓励个体进入整体的思想，由分到合，再在合中追求个体与个体之间、整体层面上的“和”。而这种“和”直接体现的就是“秩序”。
“秩序”与“等级”、“本分”的思想联系紧密，但前者是就整体而言的有序，后两者是从微观的、个体的层面看所呈现出的放置情况。一个人依照自己所属的“等级”做自己“本分”中的事情，最终目的是使社会呈现出好的秩序，这也是个人的最高理想。
按照这个思路，我们可以很明显地发现中药处方中对“和”思想的体现。虽然每一味药都有自己的主治功能，但在中医药领域有一个很特别的现象：同方异治。对于完全不同的病症，根据患者的具体情况，有时甚至可以采用相同的药方治疗。这实在令人难以想象，尤其是从西医“同病同方”的角度来理解。又譬如不时出现的“日本小柴胡汤颗粒事件”之类的事故，都是因为没有从某一处方的整体角度出发而只抓重点、主体的做法。
中医不再局限于关注某一味药的功效，因为最终的药效并非方中药物功效的简单相加，而是以整体的身份去完成对患者机体的调节和治疗。一味味中药材正如社会中一个个怀揣理想抱负的君子，只有在注重以药方为单位最终达到的治疗效果时才能药到病除；只有当这些药材进入药方、相辅相成、实现秩序后才能使每一味药都恰如其分地体现自己的价值。
中医药中的人、自然与科学
除了人与社会的各种关系以外，儒家还特别关注人与整个自然的关系。无论是周公循天道而建人道，还是后来董仲舒的“天人合一”，都体现了儒家对人与自然关系的理解：人是自然不可分割的一部分。
从神农尝百草开始，中药的药物来源一直是自然事物。草木、石矿、兽类等等，都是天然存在的，经过炮制加工制作成药材。万物有着相生相克的属性，药物之间有着相生相克的作用，人体的发展和自然界事物之间也有相生相克的关系，所以我们的生老病死都与自然息息相关。人从自然中生出，又去自然中寻找消除病痛的方法，最后安详地回归自然。这与儒家的自然观美好地结合在了一起。
然而这引出了一个非常重要的问题，也是中医药现在走向国际市场、得到更广泛认可时面临的最大难题之一：中医药疗效的原理存在很多目前难以用科学解释之处。我们可以解释中医药中阴阳调和、五行相生等理念，但他们不相信——他们只相信实实在在的数据分析和原理解释。这种现象恐怕需要向前追溯到孔德那里去。
19世纪30~40年代，实证主义的诞生排斥了关于形而上学的讨论，一切不以科学方法为研究手段的东西都被指认为非科学，在他们那里也就意味着是不真实的。随着伽利略在比萨斜塔上扔下大小石头（指1859年伽利略在比萨斜塔上所做的自由落体实验，该实验推翻了亚里士多德“物体下落速度与物体质量成正比”的观点），以实验为手段的科学迅速走进人们的视野，并进入各个科学之中。这对于人们探索世界来说的确是件了不起的幸事。但随着科学的快速发展，人类对待世界的态度发生了很大的变化。
有人指责，实证主义使人们对于生活中妇孺皆知的常识也想尽办法运用科学的方法加以证明，如果找不到证明的方法，就会陷入苦恼而不敢对这个已然存在千百年的结果表示肯定。这个观点是否十分中肯，我们暂不评论；但在科技发达的今天，人们根本无法停下用所谓的科学手段探索世界的脚步。
当物质被分解到夸克，是否还可以分解成更小的东西？如果一直这样分解下去，我们会不会触及物质的本质，完成古今中外哲人探索世界的所有愿望？科学是否有尽头？人们希望用自己实实在在的认知去解释世界，就像实证主义指导下的社会科学家告诫人们一定要追求真理一样。但所谓的客观真理在人类社会中不可避免地会带有人的主观性，最终呈现在世人面前的真理就变成了一种“普世价值观”。在他们看来，普世价值观即是真理。在科学研究领域，也就是经过了实验验证、可解释的东西才能得到认可。
面对这样的问题，中医药在现代化的道路上也被迫接受了这样的检验标准。中医“证”本质的研究试图揭示中医理论中最关键的问题；“复方丹参丸”成为了我国第一例圆满完成美国FDAⅡ期临床试验的中成药，并即将进入Ⅲ期临床试验；许多中药注射剂也为了应对急症的治疗投入研制（资料来源于浙江大学王毅老师与陈柳蓉老师开设的“从神农本草到现代中药”课程内容），很大程度上解决了长期困扰医师们的救治急症的问题；针刺麻醉、针刺镇痛原理、青蒿素治疗疟疾等临床应用领域也有比较理想的成就。
我们当然会承认中西方文化的交流为中医药的发展注入了新鲜血液。但仍然有大量的中药方剂因无法通过实验检验而被许多国家列为禁药，给中医药贴上“不科学”的标签，我们的文化自信受到打击，中医药在自家的地位也受到威胁。其实中医药体现的就是以儒家文化为代表的中华文化自古以来的特点：重结果轻过程，重实践轻理论。
中医与西医的理念冲突，归根结底是中西文化的碰撞。在我们的传统文化中确实可见糟粕：帝王服食金丹以求长生不老，走向极端的“灭人欲”更是猛如豺狼。但我们应该从自甲午战争以来就未消散过的民族自卑感中慢慢走出，用更加平和理智的心情去看待老祖宗留给我们的宝贵财富。
中医药不仅仅是一门悬壶济世的医学，更是一个凝聚中国思想精髓的文化符号。