苗医对病因的认知和对疾病的命名、分类等，皆具有浓厚的民族特色，并体现了一定的规范性。
苗医认为，患病与不良的气候、自然环境有密切关系，日、月、寒、暑、风、霜、雨、露、雾都可酿制风毒、气毒、水毒、寒毒、火毒等侵犯人体而致病。饮食不调、意外伤害、劳累过度、房事不节、情志所伤、先天禀赋异常等，也是导致各种疾病发生的重要原因。
苗医对疾病的命名具有朴素、生动的形象思维特点，根据疾病外观征象，多以动植物形象、声音，金属色泽等取类比象命名，如双上肢抽搐像鹞鹰闪翅的口旷鹞子经”，膝关节红肿发亮、形如猫头的叫“猫头证”，色形如高粱的“高梁痘证”，色泽如铜、铁的“铜疔”、“铁疔”等。还有以主症、病因、病变部位命名，或互相结合命名的，如“米黄证”、“雪皮风证”、“寒风经”、“白口菌”、“男色证”、“月家乐证”等。在苗族医生中流行着“病有一百单八证”的说法，因地域及分支的不同，有将一百单八证分解为“三十六经、七十二证”，有叫“三十六证、七十二疾”，或称“四十九证、四十九翻、十丹毒”，据说这些数字只是为了应对一百单八的概念，并非确切的数。一般来说，苗医是根据各种疾病的某些共同属性而将疾病进行归类，分为经、证、翻、龟、小儿胎病、新生儿抽病、丹毒、疔、癀、花、疮等类。