按照世界卫生组织的说法，益生菌是“当达到合适数量时，能给予宿主健康效益的活的微生物”。这是一大类对人体“友好的细菌”。随着对益生菌的研究日益深入，双歧杆菌和乳酸杆菌等益生菌在消化系统以及免疫系统的作用获得了医学专家的认可。
那么，益生菌是如何对人体产生保健效益的呢?肠道“环保家”肠内菌群有高度的个体差异性，它在一段时间内保持稳定。根据个体的饮食、健康状况和环境条件的不同，菌群分阶段地发展、变化。衰老、绝经期、压力过大或服用某种药物等情况下，这种平衡可能被打破。肠道内菌群失衡不利于整体的健康状况。益生菌发挥重要作用的“根据地”在肠道，平衡的肠道菌群富含双歧杆菌，它有助于确保消化系统最佳发挥功能。
益生菌对肠道健康的作用远不止平衡菌群，还在加速肠道传输方面颇有“建树”。肠道传输是指肠道内容物通过消化系统的过程。一个健康成年人从嘴到肛门的平均传输时间不超过72小时，这不仅受到饮食质量、年龄、压力等因素影响，还被肠道菌群左右。
缓慢的传输不一定是疾病，可能在48～72小时之间。然而，缓慢的肠道传输是大部分人腹胀、沉重感、排便困难的原因，它对生活质量的不利影响不容低估。然而，益生菌进人人体后并非一路畅通直达肠道，其间可能会受到胃酸、胆汁的“拦截”和“破坏”，因此一般建议在饭后补充，因为这时胃部的酸度较低。益生菌进入人体消化道的厂部，必须具有黏附在肠管上皮及表面黏膜上的能力，能在一定时间定殖在人体肠内并在停止饮用后能自然地从人体内消失，并且能分泌产生有选择性的抗菌物质，因此需要经常补充新鲜出品的含大量活性益生菌的食品；混合菌种优于单一菌种；最好选择标示可耐胃酸、胆盐或具菌种保护技术的产品，注意是否注明益生菌具肠壁吸附能力，以免摄人后很快便通过肠道，未达到所预期的效果。