在仲景公《伤寒论》中，有治疗“痞满”的一组方剂，组织严密的、配伍灵活简洁，在临床中应用广泛，疗效良好，然而将黄连汤也归于这一类方中，总有一些似是而非感觉。仲景公自是无法开言，而后来者又随心而定，将该方也归纳为泻心汤类。当然因为其在临床表现上极为相似，也是可以理解的。黄连汤乃半夏泻心汤去黄芩加桂枝而成，这其中的原由想来仲景公该有深意。许多的医家也悟出了仲景公用该方的和解之意，寓意类似小柴胡汤，只是归经的不同。柴胡证与泻心汤证所表达的侧重当然也就远了。一则少阳，一则阳明。柯琴在《伤寒来苏集》中对这一点好像讲得更明确一点。
《伤寒论》第173条曰：“伤寒胸中有热，胃中有邪气，腹中痛，欲呕吐者，黄连汤主之。”柯琴语：“此热不发于表而在胸中，是未伤寒前所蓄之热也。邪气者即寒气。夫阳受气于胸中，胸中有热，上形头面，故寒邪从胁入胃……今胃中寒邪阻隔，胸中之热不得降，故上炎作呕；胃脘之阳不外散，故腹中痛也。热不在表，故不发热；寒不在表，故不恶寒。胸中为里之表，腹中为里之里。此病在焦府之半表里，非形躯之半表里也。往来寒热者，此邪由颊入经，病在形身之半表里。如五六日而胸胁苦满，心烦喜呕，此伤于寒而转为热，非素有之热。或腹中痛者，是寒邪自胸入腹，与此由胁入胸胃不同……此亦柴胡加减方也。表无热，腹中痛，故不用柴、芩……此与泻心汤大同，而不名泻心者，以胸中素有之热，而非寒热相结于心下也。看其君臣更换处，大有分寸。”
根据柯琴的论述，可以明白两个观点，首先此热是伤于寒而转为热；二则寒邪是从胁入胃。具有柴胡经证的特点，故归于少阳也不难理解。在《伤寒论》教材中认为“胸中”指胃脘以上，连及胸膈；而“胃中”指胃脘以下，包括脾与肠。故“胸中”“胃中”只是指部位的高下，即上热下寒之证。由于寒热互阻，热壅则胃气上逆而为呕吐，寒邪阻脾则腹痛。故方中重用黄连苦寒，以清在上之热；干姜辛温，以温在下之寒；桂枝宣通阴阳，以解寒热之阻隔；半夏和胃，降逆止呕；更以人参、甘草、大枣甘温补中，恢复中焦升降之机。
现代临床常用该方治疗急性胃肠炎、急慢性胃炎、消化性胃溃疡等，又用本方治疗急慢性胰腺炎、急慢性肠道感染。除辨识主症、病机外，“木邪犯土”是该方的主要证候。（冯向东）